פרקליטות מחוז ירושלים הודיעה (ה', 10.2.11) לרב מוטי אלון, באמצעות בא-כוחו, כי לאחר לימוד תיק החקירה נשקלת אפשרות העמדתו לדין, בגין עבירות מין שבוצעו לכאורה בשני מתלוננים קטינים, במספר הזדמנויות בשנים 2003 ו-2005.
משרד המשפטים מסר, כי בטרם תתקבל החלטה סופית, יתאפשר לרב אלון לקיים
שימוע ולנמק מדוע יש להימנע מהגשת כתב אישום נגדו. ההחלטה התקבלה באישור היועץ המשפטי לממשלה,
יהודה וינשטיין, על-דעת פרקליט המדינה,
משה לדור.
פרשת
הרב אלון התפוצצה אשתקד, כאשר פורום "תקנה" חשף את התלונות שהגישו נגדו מספר קטינים ובהם מי שהיו תלמידיו. על-פי הסדר בין הפורום הדתי-לאומי, העוסק בעבירות של הטרדה מינית, לבין הרב אלון, הפסיק האחרון את פעילותו הציבורית והחינוכית ועבר להתגורר בצפון הארץ.
הפורום הסביר אז, כי לא פנה למשטרה משום שהנערים סירבו להגיש תלונה. את הפרשה חשף לאחר שלטענתו הרב אלון לא עמד בסיכומים עימו, שב ללמד ואף נפגש עם בני נוער ביחידות. בעקבות החשיפה פתחה המשטרה בחקירה, שהובילה להחלטה להגיש כתב אישום.
עד כה סירב הרב אלון להתייחס במישרין לחשדות נגדו. בכמה התבטאויות פומביות דיבר רק על כך שעליו לעמוד בניסיון שנגזר עליו, ושחלק מעמידה זו היא שמירה על שתיקה.
הרב אלון הוא מראשי הציונות הדתית, היה מבכירי ישיבת הכותל ומייסד תנועת "בראשית" לחינוך תורני לילדים. הוא בנו של מי שהיה המשנה לנשיא בית המשפט העליון,
מנחם אלון, ואחיהם של הח"כ לשעבר בני אלון והשופט ספי אלון (שכיהן במינוי זמני בעליון וכיום במחוזי בבאר שבע). גיסתו היא הסופרת אמונה אלון.
