אגב העיסוק במעלליו של
בועז הרפז, חושפים רונן ברגמן ו
דן מרגלית מקצת מן המתרחש מאחורי הקלעים של מערך המבצעים המיוחדים. לדבריהם, מערך זה "זולל כספים רבים ופועל, בעצם, בלי ביקורת של איש, בחלל שחור שהרישום, ניהול החשבונות והמעקב אחרי הקבלות והחשבוניות בו מצומצמים מאוד, אם הם בכלל קיימים".
אחרי פרשת הרפז בדק רו"ח יהודה ברלב, מומחה לביקורת חקירתית, את המערך לבקשת שר הביטחון,
אהוד ברק. הוא אמר, שנדהם מעוצמת ההפקרות והניהול הרשלני של הכספים בו; זאת לא פירצה קוראת לגנב, הוסיף, אלא בור ענק שכל אחד יכול לשלוח לתוכו את ידו ולהוציא כאוות נפשו.
בבסיס המערך הטכנולוגי של אמ"ן, המשרת בעיקר את המבצעים המיוחדים, שבמרכז גוש דן נהנים החיילים מנקניקים מובחרים וגבינות צרפתיות, המיובאים רק לכמה מעדניות יוקרה. הללו נרכשים בעשרות אלפי שקלים בשנה בנימוק של "צרכים מבצעיים של היחידה".
עשרות מיליוני שקלים מוצאים בשנה בניגוד לנוהלי הרכש ומשמשים לצרכים כגון ריהוט משרדי, מזגנים, אריחי קרמיקה יוקרתיים, פרגולות, מיטה זוגית וכריות פוך לאחד הקצינים (במסווה של מבצע סודי בסוריה) וגם ארון עבורו (צורך מבצעי בעירק), צבעי גואש וארטיקים להפעלת ילדי הקצינים. קצין בכיר קנה ציוד במאות אלפי שקלים עבור היחידה (לא ברור האם הכל היה נחוץ) ושמר לעצמו את הנקודות בכרטיס האשראי.
כמה קצינים השתמשו בכלי רכב מבצעיים מיוחדים ויקרים מאוד לצרכיהם הפרטיים. קצין אחד השתמש בשלושה בו-זמנית ושכח איפה החנה אחד מהם, וכאשר נמצא - הסתבר שאיבד את המפתחות. חקירת מצ"ח הסתיימה בפרישתו מצה"ל של מפקד היחידה, אל"מ טל דיליאן, ובעצירת קידומו של סגנו. הם לא הועמדו לדין, מחשש לדליפת סודות ביטחוניים.
