הפרשה המרכזית בה היה מעורב
בועז הרפז, לפני המסמך הנושא את שמו, החלה בסוף 2004, אז כתב מכתב אנונימי לרמטכ"ל,
משה יעלון, ולסגנו,
גבי אשכנזי, נגד ראש אמ"ן, אהרון פרקש-זאבי. לימים יטען, כי אשכנזי ביקש ממנו לכתוב זאת. אשכנזי אומר שאיננו זוכר, אך ייתכן שאמר להרפז להעלות על הכתב תלונות שהשמיע באוזניו כלפי פרקש-זאבי.
דן מרגלית ורונן ברגמן מספרים, כי צוות החקירה שבדק את מקור המכתב גילה בביתו של הרפז מחשב נייד של מערך המבצעים המיוחדים, ובו חומר סודי ביותר המאוחסן בצורה מופקרת. הרפז הסכים לעבור בדיקת פוליגרף אך חזר בו; אין בסיס לטענת אשכנזי כאילו הבדיקה התקיימה. בינואר 2005 הועמד הרפז לדין משמעתי בפני קצין מודיעין ראשי, משה שחורי, ונדון לנזיפה בלבד.
אשכנזי ניסה למנוע את הדחתו של הרפז מצה"ל, אך יעלון אישר את פיטוריו. זאבי-פרקש הורה להרחיקו ממערך המודיעין עד לתום חופשת הלימודים שלו, אך שחורי הודיע שהרפז ייצא לחופשה ללא תשלום לאחר הלימודים. מאוחר יותר סיכם איתו שחורי, שהוא לא יועמד לדין בפרשת המחשב, ובתמורה ישתחרר מצה"ל עם זכויות פנסיה של "נוהל גיל הביניים". על-פי רישומי צה"ל, הרפז סיים את שירותו ב-10.6.05.
השב"כ הוריד את סיווגו הביטחוני של הרפז. הוא שכר את עו"ד
יורם דנציגר (כיום שופט בית המשפט העליון) ויצא למאבק. תחילה הסכים השב"כ לפסול רק את הסיווג "סודי ביותר - קהילה" ורק ביחס לתפקידו של הרפז, ואף הודיע שישקול להעניק לו סיווג נמוך יותר.
דנציגר הביא שני עדים שדיברו נגד זאבי-פרקש ובעד הרפז; השני שבהם היה אשכנזי, אשר מסר לוועדת הערר, בראשות השופט
אפרים לרון, מידע לא נכון על עבירותיו של הרפז בנושא המחשב. לבסוף התקפל השב"כ, משך את הודעת האי-התאמה והעניק לו סיווג בדרגה 3 (סודי ביותר).
לאחר שסיים פרקש-זאבי את תפקידו, החליטו יורשו, אלוף עמוס ידלין, והפצ"ר, אלוף
אביחי מנדלבליט, באופן חסר תקדים לבחון שוב את פרשת המחשב ומינו לשם כך את נציב קבילות החיילים, תא"ל אבנר ברזני - ידידו של הרפז.
הדוח שלו פורסם בדיוק לפני ארבע שנים, יום לפני שאשכנזי נכנס לתפקידו. הוא הורה לטהר את הרפז ולהחזירו לשירות, למרות כל הממצאים בעניינו שעליהם חזר. אלא שראש אכ"א, אלוף
אלעזר שטרן, סירב לחתום על החזרתו לצה"ל. מי שהחזיר אותו היה סגן הרמטכ"ל, משה קפלינסקי. הוא הוחזר סמלית לכמה ימים ואז פרש, כאילו פרש בגיל 40, וקיבל מיליוני שקלים.
