בתחילת שנת 2010 התפרסו מחנות ושטחי אש של הצבא על שטח כולל של כ-8.7 מיליון דונם, שהם 39% משטח מדינת ישראל. כמו-כן הטיל צה"ל מגבלות על שימוש אזרחי ב-8.8 מיליון דונם נוספים, שהם 40% משטח המדינה.
מינהל מקרקעי ישראל ומשרד הביטחון עוסקים, כל אחד בתחומו, בטיפול בבקשות של צה"ל להקצאות קרקע וכן בהיבטים של פיקוח ושל בקרה על השימוש שעושה צה"ל בקרקעות שהוקצו לו. ממצאי הבדיקה מלמדים, שבמשך שנים הפיקוח והבקרה של הגורמים האזרחיים על ניהול הקרקעות בצה"ל היו רופפים ולקויים ביסודם, ויש לראות בכך מחדל מתמשך.
משהב"ט לא חתם עם המינהל על הסכמים שבהם מפורטים תנאי הקצאת הקרקע עבור צה"ל. כפועל יוצא מכך הפסיק המינהל בשנת 2006, שלא לפי נהליו, לכנס את הוועדה העוסקת בהקצאות קרקע לצה"ל ולמשהב"ט. לפיכך נבצר ממנו לבחון את הקצאות הקרקע לצורכי ביטחון שהתבצעו מאז, תוך התחשבות בכלל הצרכים האזרחיים, כדי להחליט אם לאשרן. הדבר אינו מאפשר לבצע בקרה נאותה על ניהול הקרקעות שבידי מערכת הביטחון.
במקרים רבים מעכבים הפיקודים את ייזום חידוש הקצאות הקרקע במשך פרקי זמן ארוכים, לעיתים של שנים, אף שיחידות צה"ל ממשיכות להחזיק באותן קרקעות. עיכובים אלה בצה"ל ובמינהל גרמו לשיבושים משמעותיים בגביית דמי שימוש ממשהב"ט, ויש בהם פגיעה חמורה בכללי מינהל תקין.
משנת 1994 לא עלה בידי הנהלת המינהל לממש את החלטתה בנוגע להפעלת מערכת ממוחשבת, שנועדה לשפר את הניהול ואת הבקרה בנושא הקצאות קרקע למערכת הביטחון, נוכח התנגדות ועד העובדים במינהל לאפשר לעובדים לחתום על שאלונים לסיווג ביטחוני. ביוני 2010, הרוב המוחלט של המידע בנוגע לניהול הקצאות קרקע עדיין נוהל במינהל באופן ידני.
מחוזות המינהל אינם מקיימים כל פיקוח ובקרה יזומים על ניהול הקרקעות שהוקצו לצה"ל, ומערכת הביטחון אינה מעבירה למינהל באופן שוטף דיווחים, בין היתר על השינויים שצה"ל עושה בגבולות שטחי האש ועל החזקת מחנות נטושים, אף כי חדלו מלשמש לצורכי ביטחון.
יש פערים משמעותיים ביותר - לעיתים של עשרות ומאות אחוזים - בין גבולות השטח של מחנות רבים בצה"ל כפי שאושרו ובין הגבולות הללו בפועל. מצב זה, שנמשך שנים רבות, התאפשר נוכח היעדר פיקוח ובקרה מצד המינהל על השימוש של צה"ל בקרקעות שהוקצו לו.
מחנות נטושים הוחזרו - אך מספרם גדל צה"ל משנה מדי פעם את פריסת יחידותיו, מקים מחנות חדשים ועוזב את אלה שאין לו עוד צורך בהם. חלק מהמחנות הנעזבים נשארים בחזקת צה"ל פרקי זמן ארוכים, לעיתים עשרות שנים. החזרתם של שטחי מחנות אלה למינהל כרוכה בפינוי מבנים שצה"ל הקים בהם, בטיהור הקרקע ובניקוי השטח.
בשנת 2004 נעשתה בצה"ל עבודת מטה, ולפיה יש עשרות מחנות נטושים. בסיכום עבודת המטה גובשה רשימה של 21 מחנות שלגביהם הומלץ "לרכז מאמץ על-מנת להביא לפינוים ולהחזרת הקרקע לבעליה". עד יוני 2010 הוחזרו שטחיהם של 26 מ-55 המחנות, ושטחיהם של 19 מחנות נמצאים בהליך החזרה. למרות זאת, גדל בשנים 2010-2004 המספר הכולל של המחנות הנטושים בצה"ל ב-60%, והם מתפרסים על שטח של יותר מ-38,000 דונם.
ייתכן שיש מחנות נטושים נוספים שאגף התכנון אינו ער לדבר קיומם. יציאת יחידות צה"ל מרבים מהמחנות לא לוותה בפעולות של סידור וניקוי השטח, ולפיכך נותרו בהם מפגעים רבים, כגון מבנים הרוסים, בורות, פסולת וזיהומים מסוגים שונים. לא הוצבה במחנות שמירה ולא התקיימו בהם סיורים; והשטח של רוב המחנות לא גודר, פעולה שנועדה להבטיח, בין היתר, שמירה ראויה.