במסגרת תוכנית מרחב התפר, הוקמו עשרות מעברים בין ישראל ובין אזור יהודה ושומרון. המעברים נועדו לפקח על מעבר בני אדם, כלי רכב וסחורות בין איו"ש לישראל, ולשמש מרכיב חיוני בהיערכות למניעתם של פיגועי טרור בישראל והסתננות לתחומיה ולמתן השירותים הנדרשים לאוכלוסיית המשתמשים בהם שיאפשרו להם לקיים אורח חיים ראוי.
אזרוח המעברים בין ישראל לאיו"ש הוא פרויקט לאומי, שנודעות לו השפעות מדיניות, ביטחוניות וכלכליות משמעותיות, והוא משפיע מהותית על אורח חייהם ועל ביטחונם של תושבי ישראל, ובכלל זה תושבי מזרח ירושלים, ושל האוכלוסיה הפלשתינית. כבר במאי 2003 סיכמו שר הביטחון דאז,
שאול מופז, ו
שר התחבורה דאז,
אביגדור ליברמן, כי "המסופים ב'מרחב התפר' צריכים להיות אזרחיים" ומתופעלים על-ידי רשות אזרחית.
במרס 2005 אישר ראש הממשלה דאז,
אריאל שרון, את תוכנית המטה לביטחון לאומי (מל"ל) שהמליצה על העברת האחריות להפעלת המעברים שבגזרת "עוטף ירושלים" מצה"ל למשטרה ועל אזרוחם לאחר מכן, וכן על הפעלת המעברים החדשים, המתוכננים להיבנות בגזרת "עוטף ירושלים", באמצעות גופים אזרחיים.
ואולם, נכון ליוני 2010, התבצע האזרוח באופן מבוזר על-ידי הגופים המטפלים בו וטרם נקבע מועד לסיומו, ורק רבע מהמעברים אוזרחו במלואם. העיכובים בתהליך אזרוח המעברים, שמקורם בעיקר בהעדר תוכנית כוללת ומתוקצבת, גורמים לליקויים משמעותיים בתחומים ביטחוניים וכלכליים.
חמש שנים לאחר המועד בו אישר ראש הממשלה את המלצת המל"ל להקמת גוף ניהול מרכזי, עדיין לא הוקם גוף כזה, וכל אחד מהגופים המתפעלים את המעברים עושה זאת בנפרד. הפעלת המעברים באמצעות שלושה גופים מביאה לכך ששלושה מנגנוני ניהול שונים מבצעים פעילות דומה, והדבר אינו עולה בקנה אחד עם עקרונות של יעילות מבצעית וארגונית ושל הקפדה על חיסכון.
בשל כך נפגעת בצורה מהותית היכולת לנהל את המעברים מתוך ראייה רחבה ומעמיקה בנוגע לצרכים של כל המעברים, שלפיה ניתן לקבוע סדרי עדיפויות מיטביים להקצאות תקציביות. בנוסף לכך, בהעדר גוף ניהולי מרכזי, יש בין המעברים פערים משמעותיים בתחומים של העסקת כוח אדם מקצועי והכשרתו, שימוש באמצעים טכנולוגיים לבקרה והשקעות בתשתית.
סכנה לירידה ברמת הבידוק השב"כ הוא האחראי להנחות את הגופים המפעילים את המעברים בנושא הטיפול הביטחוני בנוסע. ברם, מאז 2006 מתנגדת המשטרה לקבל מהשב"כ הנחיות בנושא זה לגבי המעברים שבאחריותה. לדבר עלולות להיות השפעות חמורות, והוא אינו עולה בקנה אחד עם כללי מינהל תקין.
נמצא פער משמעותי ביותר במספר השוטרים שהועסקו ביחידת המעברים שבמפקדת מג"ב "עוטף ירושלים", ובמספר המאבטחים האזרחיים שהועסקו במעברים בגזרת "עוטף ירושלים" בהתייחס לתקנים שנקבעו על סמך היעדים המבצעיים הנדרשים בגזרה זו. המחסור בשוטרים ובמאבטחים אזרחיים עלול לגרום לירידה ברמת הבידוק, ובכך להגביר את הסיכון הביטחוני ולפגוע ברמת השירות עקב התארכות זמן ההמתנה במעברים.
הליקויים בנושא האבטחה והבידוק הביטחוני במעברים משפיעים הן על השירותים הניתנים לעוברים בהם והן על רמת הביטחון. על מטה הלוחמה בטירור שבמל"ל, כגוף מסדיר לעניין המעברים ותפעולם - במשולב עם המשטרה, השב"כ וצה"ל - להבטיח את סידורי האבטחה הדרושים במעברים כדי לשפר את יכולת ההתמודדות מול האיום של העברת אמצעי לחימה דרך המעברים.
