ביקורת מבקר במדינה על הנעשה בחברת נמל חיפה התמקדה בהקמתה של המערכת לניהול מכולות בנמל, ועל דרך החתחתים להפעלתה. המדובר במערכת מחשוב אסטרטגית המנהלת את כל השרשרת התפעולית של הנמל. לכשתופעל באופן סדיר ותקין היא תעניק לנמל חיפה יתרונות רבים בתפעול המסופים, ובין השאר תקצר את זמני ההמתנה של האוניות ותשפר התפוקות.
הביקורת העלתה שהפיקוח על ניהול הפרויקט בדרג ההנהלה ובדרג הדירקטוריון היה עתיר ליקויים: תקציב הפרויקט חרג ביותר מ-50% מתקציבו המקורי, הלו"ז ליישום הפרויקט שונה תכופות והשינויים לא יושמו; אף שדווח לדירקטוריון כמה פעמים כי נדרשת דחייה בלו"ז. בנוסף, עד אפריל 2009 לא דרש הדירקטוריון את הלו"ז החדש שנקבע.
כאמור, על-אף שבהסכם המקורי מאוגוסט 2003 נקבע כי נמל חיפה יקבל את המערכת בפברואר 2005, במועד סיום הביקורת, כחמש שנים וחצי לאחר המועד המקורי להפעלתה, היא עדיין לא הופעלה. הפרויקט המקורי תוכנן ל-19 חודשים, אך בפועל ארך 84 חודשים - חריגה של כ-340% מהלו"ז, שטרם הסתיימה. לפי נתוני נמל חיפה, עד אוקטובר 2010 הושקעו במערכת כ-46 מיליון ש"ח, לעומת תקציב מקורי של 30 מיליון ש"ח, סכום זה אינו כולל את כל העלויות כמו עלויות הדרכה והוצאות שכר לעובדים ייעודיים למערכת. החריגה מהתקציב המקורי גדולה מ-50%. לנמל חיפה אין תחשיב עלויות מלא ומפורט על כל הוצאות הפרויקט וההפסדים שנגרמו בגלל כישלון הפעלתו.
בישיבת הדירקטוריון מאפריל 2008, שדנה בדוח מבקר הפנים, עלה עניין דחיפות הטמעת המערכת, ואף שהוצגו חלופות לפתרון לא דן בהן הדירקטוריון ודחה החלטתו למועד אחר, אולם החלטה בעניין לא התקבלה; פרט למינוי מנהל פרויקט יותר משנה לאחר שהמבקר הפנימי הגיש את הדוח - לא יושמו המלצותיו; רק בסוף אוקטובר 2008, נדון הפרויקט בהנהלה. ב-17 ישיבות שהתכנסו בין יוני 2008 למרס 2009 לא התקיים דיון ממשי בנוגע לניהול הפרויקט, למעט שני דיונים שבהם נדונו היבטים מסוימים הנוגעים לו.
בפברואר 2009 דיווח ראש אגף מחשוב לוועדת ההיגוי בנמל כי כי המו"מ עם החברה הדרום-קוריאנית TSB, האחראית להטעמת המערכת, הגיע למבוי סתום, וכי היא מגלה קשיחות בלתי מובנת לדרישת נמל חיפה להפחתת תעריפיה, אף שהמטבע הדרום-קוריאני פחת ביחס לדולר האמריקני ב-50% בחצי השנה שקדמה לדיווחו. באפריל 2009 שיווח סמנכ"ל התפעול לדירקטוריון כי עקב המחלוקות כספיות, התקבלה החלטה לפנות לחברה אחרת. בתשובתו של נמל חיפה למשרד המבקר הוא הודיע כי ראה את חובתו כחברה ממשלתית שלא להיענות לדרישות השרירותיות של TSB ולכן היה חייב לפנות לחברה אחרת.
משרד המבקר בדק את הליך הבחינה שהוביל לקבלת ההחלטה בדבר סיום ההתקשרות ופניה לחברה אחרת: "עולה כי השיקול המרכזי שעמד לנגד עיני נציגי חברת נמל חיפה היה המחיר. הדירקטוריון לא חשב דיו על שיקולים נוספים שחשיבותם אינה פחותה, באופן שהליך הבחינה שקיים היה חסר וחלקי".
