במרס 1995 מינה משרד הפנים ועדת היגוי שתבחן את האפשרות להנפיק תעודת זהות ממוחשבת במקום תעודת הזהות הנהוגה כיום ושתגבש הצעה בנושא. בדצמבר 2001 פרסם המשרד מכרז לבחירת ספק שייצר את תעודת הזהות החכמה. בדצמבר 2003 ביטל בית המשפט את המכרז עקב פגמים מהותיים שמצא בו.
באוגוסט 2005 פרסם המשרד מכרז נוסף. בנובמבר 2007 החליטה ועדת המכרזים של המשרד לדחות את הצעתה של HP, היחידה שעמדה בתנאי הסף של המכרז, מפני שהתשלום שדרשה בעד מימוש הפרויקט היה גבוה בהרבה מהאומדן שקבעה הוועדה. למשרד אושר להתקשר בפטור ממכרז ולנהל מו"מ עם HP, ובדצמבר 2008 חתם המשרד עימה על הסכם להקמת מפעל לייצור תעודות הזהות החכמות.
ההסכם נחתם שהוסדרו בחקיקה ראשית שינויי החקיקה הדרושים, וכך נוצר מצב שבו יש סיכון שלפחות חלק מן ההשקעה בפרויקט עלול לרדת לטמיון. על-פי הנחיית היועץ המשפטי לממשלה מספטמבר 2004, אין לפרסם מכרז כאשר הוראות מהותיות בו מתבססות על הצעת חקיקה שטרם אושרה בכנסת. בהתקשרו עם הספק בטרם הושלמו הליכי החקיקה, פעל המשרד שלא ברוח הוראות היועץ המשפטי.
בהסכם נקבע, כי התעודות החכמות ייוצרו בשני שלבים. בשלב הראשון ייוצרו כרטיסים חכמים גולמיים, ובשלב השני יוטבעו בכל כרטיס גולמי פרטי הזהות של בעל התעודה, תהליך המכונה פרסונליזציה. בשנים 2013-2010 אמורה HP לייצר 5 מיליון כרטיסים גולמיים, תמורת 161 מיליון שקל. ואולם, מאחר שבחוק המאגר הביומטרי נקבע שהוא יוחל בהדרגה, ומאחר שייתכן ששר הפנים ידחה את החלתו, יש חשש שהכרטיסים הגולמיים ימתינו במשך שנים למימוש שלב הפרסונליזציה, דבר המעורר שאלה בדבר הצדקת ההוצאה בעת הזאת. זאת ועוד: יש חשש שהכרטיסים הגולמיים יהיו מיושנים כאשר ייצא לפועל שלב הפרסונליזציה.
בר בשנת 2003 החל המשרד לטפל בהכללת תצלום ממוחשב בתעודת הזהות. במסגרת זו פרסם מכרז, שילם ל-HP וליועץ וביצע פיילוט כדי לבצע תצלומים ממוחשבים לשם הדפסתם על התעודות שהוא מנפיק. במועד סיום הביקורת, יולי 2010, טרם שולב התצלום הממוחשב בתעודות הזהות.
בסיכום אומר המבקר, כי המשך השימוש בתעודות הזהות במתכונתן הנוכחית מאפשר לגורמים שונים לנצלן לרעה לשם ביצוע עברות פליליות וכלכליות, הגירה בלתי חוקית ופעילות הפוגעת בבטחון המדינה. הפרויקט כבר נמשך 15 שנה, אך לפי הוראות החוק הביומטרי החדש - יעברו עוד כמה שנים עד שתעודת הזהות החכמה תיכנס לשימוש.
המבקר מסכם: "מכל האמור לעיל עולה, כי הטיפול בנושא זה נקלע למצב בלתי נסבל של העדר פתרון. לשם מניעת זיוף תעודות הזהות - התכלית המוצהרת של משרד הפנים שהוגדרה צורך לאומי חיוני ועמדה ביסוד המהלך להחלפת תעודות הזהות - ונוכח הקמתו של מערך לייצור תעודות הזהות החכמות בשנת 2010, ממליץ משרד
מבקר המדינה כי משרד הפנים ינקוט לאלתר מהלכים להנפקתן של תעודות זהות חכמות לכלל האוכלוסיה עוד קודם שייכללו בהן אמצעי הזיהוי הביומטריים, ובכך יקשה את זיופן ויגביר את מהימנות השימוש בהן".
