אחד מרכיבי השכר בחברת החשמל הוא שכר עידוד. שכר זה, על שיטותיו השונות, הוא אחד הכלים להנעת העובד להגביר את פריון עבודתו באמצעות תגמול כספי, כלומר: שכר העידוד הוא תוספת לשכרו הבסיסי עבור ייעול עבודתו או עבור הגברת תפוקתו. החברה משלמת שכר עידוד לכל עובדיה, והוא נכלל בשכרם החודשי. סכומי התשלומים בעבור שכר עידוד בשנים 2008 ו-2009 היו 370 מיליון שקל ו-386 מיליון שקל בהתאמה, שהם 9% ו-11% בהתאמה מעלות השכר בחברת החשמל בשנים אלה.
באוגוסט 2005 החליט דירקטוריון החברה, כי "אחת לתקופה" יקבל דיווח בנושא שכר עידוד, אבל מאז שנת 2007 הוא לא קיבל דיווח כזה וגם לא עמד על קיום החלטתו. בשל חילוקי דעות בין החברה ובין ארגון העובדים, מתעכבת שנים רבות הנהגתן של שיטות שכר עידוד חדשות. החברה משלמת לרבע מעובדיה שכר עידוד לפי שיטות שהוחלו לפני שנת 2000, וכמה מהן לא עודכנו מזה 35 שנה. החברה אינה מכינה תחשיב של העלות והתועלת הצפויות לה מהחלתן של שיטות שכר עידוד חדשות.
מספר העובדים הבכירים בחברת החשמל בשנים 2008 ו-2009 היה 177 ו-170 בהתאמה. מערכת חישוב השכר לבכירים נפרדת מזו של שאר עובדי החברה, ושיעור שכר העידוד שלהם מחושב גם הוא במערכת נפרדת. כ-100 בעלי הדרגות הגבוהות ביותר מקבלים תוספת חריגה לשכר העידוד, וזו לא קיבלה את אישור הדירקטוריון. התוספת הסתכמה ב-355,000 שקל וב-373,000 שקל בשנים 2008 ו-2009 בהתאמה. המנכ"ל דאז הורה להוסיף ולשלם תוספת זו גם במקרים שבהם הקריטריון שנקבע לתשלום אינו מתקיים.
המבקר אומר, כי ספק האם שכר העידוד בחברת החשמל משיג את מטרתו - הנעת עובדים להגביר את השקעתם בעבודתם, לשפר את יעילותם ולהעלות את תפוקתם. הוא קורא להנהלת החברה לפעול בנחישות להתאמת השיטות למטרות האמורות בשיתוף שאר הגופים הנוגעים בדבר; לבדוק אחת לכמה שנים את היעילות של כל אחת משיטות שכר העידוד הנהוגות ולעדכנה לפי הצורך; להקפיד ששכר העידוד יינתן עבור התייעלות ועבור העלאת התפוקה, ולא כתוספת שכר.
על רשות החברות הממשלתיות, על הממונה על השכר במשרד האוצר ועל דירקטוריון החברה לנקוט את כל הצעדים המתחייבים ולעמוד, על-פי סמכותם, על אכיפת החוקים בכל הנוגע למניעת תשלומי שכר חריגים.
