באוקטובר 2007 התבקש המבקר בידי ועדת הכנסת לביקורת המדינה להכין חוות דעת בנושא החפירות שמבצע הווקף בהר הבית. הכנת חוות הדעת התעכבה עד לסיום הדיון בבג"ץ בעתירות בנושא, ורובה נאסר לפרסום משיקולים של בטחון המדינה.
הטיפול בנושא הר הבית, אומר המבקר, צופן בחובו מורכבות ורגישות רבה. הטיפול בהר הבית אינו יכול להיות מעצם טיבו נושא המנותק מבעיות של יחסי יהודים-ערבים במדינת ישראל ובאזורי יהודה והשומרון וחבל עזה; ולא ניתן לנתקו משאלות הכרוכות ביחסי המדינה עם מדינות ערב, עם העולם המוסלמי ואלו הנוגעות ליחסי החוץ של ישראל בכלל.
המבקר מצא, כי במשך השנים עשה הווקף עבודות רחבות היקף בהר הבית, ובעיקר באורוות שלמה. ליקויים משמעותיים נמצאו בביצוע הפיקוח על רוב העבודות שנעשו בשנים שבהן התמקדה הביקורת (2007-2001). עבודות אלה נעשו ללא תיאום עם הרשויות העוסקות באכיפת החוק בהר הבית וללא קבלת אישורים והיתרים כנדרש. חלקן אף בוצעו באמצעות כלים מכניים, ולמרבה הצער תוך פגיעה בממצאים ארכיאולוגיים.
יוצא אפוא, שהנחיות היועץ המשפטי לממשלה משנת 1988, לפיהן יש לקיים פיקוח שוטף על ההר לא מולאו במלואן, ועקב כך ליועץ המשפטי לממשלה לא הייתה תמונה שלמה בנושא הפרות החוק בהר הבית. יצוין, שמאז שנת 2007 נעשו פעולות לתיקון חלק מן הליקויים שעלו בחוות הדעת.
השמירה על עתיקות הר הבית ומניעת הריסתן היא משימה ציבורית מן המעלה העליונה. חשוב להדגיש, כי כל עבודה וחפירה בהר הבית יש לבצע בכפוף לאופיו של המקום, בקבלת ההיתרים הנדרשים ובעמידה בכל הכללים הארכיאולוגיים. ככלל יש להתנות את אישור ביצוען של העבודות המצריכות חפירה באתר באי הפעלת כלים כבדים.
