בשנת 1993 קיבל אולמרט מאיש העסקים ג'ו אלמליח הלוואה בסך 75 אלף דולר, שאותה החזיר, לפי הסדר תשלומים שגיבש עם מבקר המדינה מיכה לינדנשטראוס, רק בשנת 2010. בעת חקירת המשטרה ב-2008 עדיין לא הוחזרה ההלוואה, אלא שאולמרט לא מצא שום פסול בעצם קיומה. "ההלוואה מצוינת בדוחות ובהצהרות ההון שלי. לא החזרתי עדיין, יש סידור עם מבקר המדינה לגבי מועד ההחזר. ההלוואה כל הזמן מדווחת על-ידי, כל השנים, בהצהרות הון. היא טרם הוחזרה".

בחקירותיו הראשונות של אולמרט בפרשת מעטפות הכסף ממוריס טלנסקי, הוא הכחיש לחלוטין שקיבל מטלנסקי כספים במזומן. אחר-כך החל לסייג את אמירותיו, וסיווג את הכספים שהתקבלו כתרומות חוקיות שדווחו ונרשמו. "אני מכיר את מר טלנסקי משנת 1993", אמר. "באותה תקופה החלטתי להתמודד על ראשות עיריית ירושלים, והציעו לי שהוא יעזור לי לגייס תרומות למסע הבחירות שלי, ואכן הוא עזר לי לגייס למסע הבחירות תרומות כספיות, שניתנו לי כמקובל בדרך שבה מותר לקבל תרומות, ואת התרומות האלה רשמנו, בעמותה או בפורום שאנחנו קיימנו אז". החוקרת איריס ברק אומרת לאולמרט כי טלנסקי העיד שמסר לו אישית בפגישות בניו-יורק ובפלורידה עשרות אלפי דולרים במזומן. "הדבר הזה איננו נכון. הוא מסר לי תרומות. צ'קים אבל לא בכספים מזומנים". החוקרים מתמקדים בנוהג של אולמרט לפגוש את טלנסקי לפגישות קצרות במהלך נסיעותיו לארה"ב, רבע שעה כל פעם. טלנסקי העיד כי בפגישות הללו הוא מסר מעטפות כספים במזומן לידיו של אולמרט. כך, למשל, נפגש אולמרט עם טלנסקי בשדה-התעופה JFK בניו-יורק בשעה 5:45 בבוקר. "למה נפגשת איתו?", שואלים החוקרים. "אני לא יודע", אולמרט משיב, "אני מניח שאולי הוא עמד לנסוע, או שאני הייתי בדרכי ושהיה לו הכי נוח, כי אולי הוא גר בסביבה, לעצור בשדה-התעופה". האם הסיבה המרכזית לפגישה הייתה לקבל ממנו כסף, נשאל אולמרט. הוא משיב: "לא". גם ביחס לפגישה אחרת עם טלנסקי, במסעדת "טלהסה" בניו-יורק, מכחיש אולמרט כי מטרתה הייתה לקבל מטלנסקי מעטפת מזומנים. "אני לא יודע, אני לא זוכר דבר כזה, ואני לא חושב שזה נכון". אולמרט מכחיש גם שביקש מעו"ד אורי מסר לשמור את הכספים הללו בכספת. כשהחוקרים שואלים את אולמרט על העברת כספים, הוא מקפיד שלא לשלול את הטענה במפורש, אלא לומר "לא זכור לי שכך היה". "אף פעם לא נתת למסר כספים במזומן?", הוא נשאל, ומשיב: "לא זכור לי". לבקשתו, החוקרים מציגים לו פרטים מדויקים על פגישות של זקן עם טלנסקי, שבהן הוא מוסר לה כספים, את הסכומים המדויקים, את העברת הכסף למסר ואת העובדה שמסר הגיע בהמשך לכספת מיוחדת בבנק לאומי כדי להפקידם שם. "יש לך הסבר להתרחשות הזו?", שואלים החוקרים. "לא אני צריך לתת הסבר", משיב אולמרט, "אני חושב שמסר צריך לתת אותו ושולה צריכה לתת אותו, לא נאמר שאני מסרתי לו". אולמרט מכחיש את הדברים שאמר מסר בחקירתו במשטרה, ולפיהם התייעץ עם מסר בנושא כיסוי הגירעון שנוצר בחשבון העמותה "ירושלים מלוכדת" אחרי הבחירות לעיריית ירושלים ב-1998, והדרך לכיסוי הגירעון - על-ידי העמדת ערבות מטלנסקי. "אני זוכר שהיה גירעון, ואני יודע שמסר טיפל בו", אומר אולמרט. החוקרים מצטטים את מסר, שאמר כי דיבר עם אולמרט על הגירעון, מסר שמדובר בסכום של 300 אלף דולר, ושאולמרט הפנה אותו לטלנסקי כדי לבקש סיוע לכיסויו. תגובת אולמרט לדברים: "אני חושב שזה לא נכון". חקירת המשטרה מתמקדת גם במה שעשה אולמרט למען טלנסקי. בין היתר, בעובדה שדאג לחבר את טלנסקי לאנשי העסקים יצחק תשובה ושלדון אדלסון, כדי שטלנסקי ינסה לשווק להם את המיני-ברים של החברה שבבעלותו, "קול-טק", לבתי-המלון שלהם. החוקרים מציגים לאולמרט מכתבים שכתב לאדלסון ולתשובה, על נייר מכתבים של משרד התמ"ת, ובהם הוא ממליץ להם להיפגש עם טלנסקי לצורך קידום עסקי המיני-ברים, וכל זאת בעת שבמקביל אולמרט מקבל כספים מטלנסקי במזומן. "האם זה נראה לך תקין ששר בממשלת ישראל על נייר מכתבים רשמי פונה לאיש עסקים?", שואל תנ"צ איילון את אולמרט. "אני חושב שזה חלק מהפרקטיקה שנוהגת במקומותינו", משיב אולמרט, "שאני כשלעצמי לא רואה בה שום דבר פסול. יכול להיות שאז טלנסקי ראה הזדמנות לקדם עסקים שהוא היה מעורב בהם באמצעות אנשים שאני מכיר, ובתור ידיד שלי הוא ביקש שאני אעזור לחבר אותו לאנשים האלה. זה דבר שקורה לי יום-יום במשך שנים רבות בכל התפקידים שביצעתי. זה חלק בלתי נפרד מהפרקטיקה. יום-יום פונים אליי עסקים".

פרשת מרכז ההשקעות מתארת, לפי כתב האישום נגד אולמרט, מצב של ניגוד עניינים חריף בין תפקידו כשר התמ"ת, לבין הצורך להכריע בבקשות סיוע של מפעלים, המיוצגים על-ידי עו"ד מסר, המקיים באותה עת במקביל קופת מזומנים סודית עבור אולמרט. אולמרט לא מכחיש שלא משך את ידיו מקבלת החלטות בנוגע לסיוע כספי למפעלים על-ידי מרכז ההשקעות. "אני בהחלט פעלתי בנושאים האלה", הוא אומר, "אני לא יכול לתת תשובה כללית לגבי מידת הרזולוציה של ההתערבות בכל אחד מהמקרים, אבל בהחלט התעניינתי בפרטים הללו, היה לי חשוב מאוד לעשות את זה". אולמרט מאשר גם שישב בישיבות מקצועיות בנוגע למפעלים סיליקט, שמן ונבטים, שיוצגו על-ידי מסר, אך טוען כי מעורבותו הייתה שולית וכך גם מעורבותו של מסר בנושאים אלה. "הייתה ישיבה שאני חושב שהוא ישב בה", אמר אולמרט, "נדמה לי שהוא בא כאחד האנשים. אני לא ראיתי בזה שום פסול, כי הגישה שלי הייתה עניינית לחלוטין. התפקיד של מסר בסיפור היה שולי לחלוטין. לא חושב שמסר בכלל נכנס לשיקולים המקצועיים. מבחינתי כשר הייתה חשיבות גדולה לבנות מפעל בדימונה באותה תקופה. זה תפקידי, בשביל זה אני יושב בממשלה. לא בשביל להגיד אמן למה שפקיד כזה או אחר יגיד".

הטענה העיקרית של אולמרט בנוגע לפרשת ראשונטורס היא שהוא לא היה מודע לאופן גביית התשלומים עבור נסיעתיו, ובוודאי שלא נתן הנחיה כלשהי לגבות מימון עודף ומקביל מארגונים שונים, כדי להישאר ביתרת עודף בתום הנסיעה. "רייצ'ל עסקה בנושאים האלה", אמר אולמרט לחוקריו בהתייחס למתאמת הנסיעות בלשכתו, רייצ'ל ריסבי-רז. היא עצמה אמרה בעדותה כי אולמרט נתן לה הנחיות מפורשות בנושא התשלומים. אולמרט ניסה להסביר את הכספים העודפים, לאור הראיות שהכספים הללו נגבו על-די מזכירותיו מהארגונים בהוראה ישירה שלו או באישורו. "הסכום הנוסף", אמר, "הרי הוא לא שולם לי באופן אישי, הוא שולם למשרד הנסיעות. אולי הוא כיסה הוצאות של נסיעות נוספות שהיו בעניינים ציבוריים". אפשרות נוספת שהעלה אולמרט היא שהסכומים העודפים שימשו לכיסוי הוצאות נוספות של הנסיעות, מלבד הטיסות. אלא שהחוקרים אומרים לו כי הכספים נגבו על-ידי משרד הנסיעות "ראשונטורס", שהיה אחראי רק להזמנת הטיסות. לאולמרט אין תשובה לכך. "אני מניח", אמר אולמרט בחקירתו, "שהיו הוצאות נוספות, שהיו קשורות בנסיעה הזאת, שלא כוסו על-ידי הבונדס, והן היו אמורות להיות מכוסות על-ידי יד ושם. אני לא זוכר את הפרטים הספציפיים של הנסיעה". אולמרט מנסה לערער את הראיות בנושא כוונתו הפלילית, ואומר כי לא ידע שקיים עודף וחשב שכל ארגון משלם את חלקו. "אני לא זוכר שעשיתי איזשהו חשבון. אני לא עסקתי בניתוח החשבונות. ידעתי שארגון אחד משלם, ידעתי שיש חלק של המדינה, ושכל אחד משלם את חלקו". "הנחיה שנתתי", הסביר אולמרט בחקירה אחרת, "שאני חושב שהיא נכונה ומוצדקת גם מבחינה ציבורית, שאני נוסע בשירות כמה גופים, אז אני צריך לחייב כל אחד מהגופים כדי לממן את ההוצאות שקשורות בו. אני לא הייתי עוסק בחילוק, ולא הייתי יושב עם חשבונית או עם מחשב ומחלק את הסכומים האלה". טיעון נוסף של אולמרט נוגע למימון הטיסות לבני משפחתו. לדבריו, הוא הורה לעשות שימוש בנקודות שצבר כנוסע מתמיד. "אני לא יודע מה הייתה יתרת החוב או הזכות שלי במשרד ראשונטורס. אנחנו נסענו שנים רבות שמה, צברנו נקודות, צברנו זכויות. נקודות מתורגמות לכסף. אני ידעתי תמיד שהן (הטיסות של בני משפחתו, י"י) משולמות מנקודות זיכוי שלי. אם נותר כסף, הרי לא לקחתי אותו לכיסי, לא השתמשתי בו. היו לי נקודות, אני זוכר שהרבה פעמים הייתי אומר לרייצ'ל 'מה עם הנקודות? תחייבי את הנקודות שלי'".