המשרד להגנת העורף, בראשות השר מתן וילנאי, מתנער מאחריות לפעילות רכבת ישראל בשעת חרום, ומגלגל אותה לפתחו של משרד התחבורה. רכבת ישראל, שהשתתפה בשבוע שעבר בתרגיל "נקודת מפנה 5" וצפויה להשתתף בתרגיל התגוננות נוסף בחודש אוקטובר, מוגדרת ע"י רשות החרום הלאומית (רח"ל) כתשתית לאומית. נגזרת מכך פעילותה גם בשעת חרום. על-מנת שתוכל לפעול בשעת חרום, על הפיקוד של הרכבות להיות ממוגן. אולם ל-News1 נודע כי מרכז הפיקוד של הרכבת ("משואה") היושב בחיפה נמצא בכלל בקומה שנייה, שבה זגוגיות יכולות להתנפץ מטיל ולהשבית את פעילות משואה. כבר כיום יש סדקים בקירות המבנה. פעילות רכבת בחרום חיונית, והיא נועדה לשינוע אספקה בין החזיתות, להסעת חיילים וגם להסעת נוסעים. אומנם תמיד קיימת הסכנה שרכבת או מסילה תופצץ, אך גם במלחמת עולם השנייה הופצצו רכבות, אוניות, צוללות ושאר מתקנים ואמצעים חיוניים, אך המלחמה לא גרמה להשבתת פעילותם מתוך הבנה שפעילותם חיונית למלחמה. מרכבת ישראל נמסר בתגובה כי "קיים אתר חלופי בלוד לגיבוי, ובנוסף, בבניין ההנהלה החדש (שייבנה בלוד) יוקם מרכז בקרה ממוגן במתחם תת-קרקעי. מרכז הבקרה יהיה ממוגן ובו מוקד ביטחון, מוקד בטיחות, מוקד תשתיות ומוקד לקליטת משואה, במקרה הצורך". בבירור שערכנו נמצא שהאתר החלופי בלוד אינו ממוגן. זהו בניין רגיל לכל דבר שאינו עומד בתקן הנדרש להגדרת תשתית לאומית. בשלב זה תיבנה באתר מעטפת ממוגנת בלבד, כי אין תוכנית למעבר מערכות הפיקוד למעטפת בשל העלות התקציבית הגבוהה (כ־150-200 מיליון שקל). כלומר, עד גמר בינוי המעטפת ב-2014 הרכבת לא תוכל בעצם לעמוד בתקן כנגזר מתשתית לאומית, וגם אחרי בניית המעטפת וסיומה ב-2014 כלל אין ודאות שאכן יימצא המימון הדרוש להעברת מרכז הפיקוד ללוד. כדי להחליט על העברת הפיקוד הנוכחי, הדבר מחייב את הכנתה של תוכנית עבודה רב-שנתית מפורטת שעליה יופקד המשרד להגנת העורף, ותקבל תקציב רב-היקף. כאמור, את השר להגנת העורף זה לא ממש מטריד.