המועצה להשכלה גבוהה תוכל לגבות אגרות בעד רשיונות והיתרים שהיא נותנת, לראשונה מאז הוקמה בשנת 1958. כך קובעת הצעת חוק ממשלתית, שתזכיר בעניינה פורסם (11.7.11) לקבלת תגובות.
בדברי ההסבר להצעה נאמר: "סמכויות המועצה להשכלה גבוהה בנושאי מתן היתר, הכרה, הסמכה ורישיון, מחייבות לעיתים גם בדיקות במישור האקדמי, לרוב באמצעות הקמתן של ועדות בדיקה או מומחים; בדיקות תקציביות בין היתר, באמצעות אנשי מקצוע חיצוניים, ובדיקות משפטיות.
"התרחבותה המשמעותית של מערכת ההשכלה הגבוהה בישראל בשנים האחרונות, תוך פתיחתם של מוסדות להשכלה גבוהה חדשים רבים, מתוקצבים ושאינם מתוקצבים, משליכה באופן ישיר על היקפי הבדיקות הנעשות במערכת. בשנת הלימודים תשע"א קיימים 67 מוסדות להשכלה גבוהה (שמונה אוניברסיטאות, 21 מכללות מתוקצבות ע"י ות"ת, 15 מכללות שאינן מתוקצבות ו-23 מכללות להכשרת עובדי הוראה).
"במועצה להשכלה גבוהה מצויות למעלה מ-500 בקשות לפתיחת תוכניות לימודים חדשות במוסדות השונים. בדיקות אלה נעשות, כאמור, בין היתר באמצעות מומחים ויועצים בתשלום. בימים אלה החליטה המועצה להשכלה גבוהה על נהלים להתייעלות עבודת המערכת, וכן על מעבר להליך של הקמת ועדות תחומיות מקצועיות להבדיל מוועדות פרטניות אד-הוק. על-מנת לסייע בהליך הייעול כאמור, מוצע להסמיך את שר החינוך, להתקין תקנות לקביעת אגרות בעד בקשות שתוגשנה למועצה בהתאם לסמכויותיה, בהסכמת שר האוצר".
האגרות ייגבו תמורת מתן הכרה במוסד להשכלה גבוהה, אישור למתן תארים אקדמיים (כלומר: אישור של תוכנית לימודים ספציפית), היתר למתן תארים בידי מוסדות מוכרים והכרה במוסדות אקדמיים ביהודה ושומרון. הצעת החוק אינה קובעת קני-מידה כלשהם לגובה האגרות, למעט "התחשבות בסוגים השונים של הבקשות והמוסדות".
