הוסר מכשול נוסף בדרכה של הרכבת המהירה מתל אביב לירושלים: בג"ץ דחה (יום ג', 6.9.11) עתירה נגד סלילת מספר קילומטרים של התוואי המתוכנן בשטחי יהודה ושומרון. השופט
עוזי פוגלמן קבע, כי העתירה הוגשה בשיהוי ולכן אין מקום לקבל אותה.
בנובמבר 2010 הורה ראש המינהל האזרחי לרכוש לצורכי ציבור 50 דונם לצורך הנחת המסילה באזור בית איכסא, מתוכם רק 11.5 דונם בבעלות פרטית. התוואי אושר עוד ביוני 2005, ולאחר מכן נדחו התנגדויות שטענו שמעבר המסילה בשטחי יו"ש מנוגד לחוק הבינלאומי. התוכנית פורסמה מספר פעמים בעיתונים הנפוצים ביותר ביו"ש.
ראש מועצת בית איכסא וכמה מתושבי הכפר טענו, כי הוצאת צו ההפקעה מנוגדת למשפט הבינלאומי ההומניטרי, מונחית משיקולים זרים ופוגעת בהם בצורה בלתי הפיכה, בלתי סבירה ובלתי מידתית. המדינה טענה, כי יש לדחות את העתירה בשל השיהוי הכבד בו הוגשה, וקבלתה כעת תוריד לטמיון את ההשקעות הכבדות שנעשו בפרויקט.
כאמור, הנדל קיבל את הטענה שמדובר בשיהוי. התוכנית שלשם מימושה הוצא צו ההפקעה, פורסמה להפקדה בדצמבר 2008, התנגדויות לה נידונו במאי 2009, וועדת המשנה להתנגדויות דחתה אותן בחודש אוגוסט של אותה שנה. בחודש מרס 2010 פורסמה התוכנית למתן תוקף. העתירה הוגשה רק מקץ עשרה חודשים נוספים, בינואר 2011. הנדל מציין, כי העותרים לא עשו דבר במשך פרק זמן משמעותי, בעוד הרכבת קידמה את הפרויקט. לכן, קבלת עתירתם כעת תפגע הן בציבור והן בצדדים שלישיים איתם התקשרה הרכבת.
הנדל דן גם בטענה לפיה הצו מפר את המשפט הבינלאומי, שכן בהיעדר תחנות בין תל אביב לירושלים - הרכבת לא תשרת את האוכלוסיה הפלשתינית. לעומת זאת טענה המדינה, כי קו זה הוא רק חלק מרשת קווים שבעתיד תשרת גם את יהודה ושומרון. הנדל קובע, כי "בנסיבות העניין, הפגיעה בשלטון החוק אינה בעוצמה העולה על הנזק שייגרם לאינטרסים של הרכבת, של צדדים שלישיים וכן לאינטרס הציבורי אם תתקבל העתירה חרף הגשתה בשיהוי".
