ראש הממשלה, בנימין נתניהו, הצהיר כי מדינת ישראל מעוניינת לפתוח מחדש את השגרירות שלה במצרים ותנסה להוריד את הלהבות ולשקם את היחסים עם טורקיה. נתניהו הודה לנשיא ארצות הברית ברק אובמה על הסיוע המשמעותי שהעניק לישראל בחילוץ אנשיה מן השגרירות. "לפנות בוקר הסתיים בשלום מבצע החילוץ המורכב של אנשי שגרירות ישראל בקהיר. מתוך חדר המצב עבדתי יחד עם שר החוץ, שר הביטחון, ראש השב"כ, ראש המוסד, הרמטכ"ל ואנשיהם. לנגד עינינו עמדה משימה אחת - להבטיח את שלומם של אנשינו ושל בני משפחותיהם. פעלנו יחד כדי למנוע אסון לעם ישראל", אמר (שבת, 10.9.11) בהצהרה מיוחדת בפני עיתונאים במשרד ראש הממשלה. נתניהו ציין כי מיד בתחילת האירועים הורה להחזיר ארצה את כל אנשי הסגל ומשפחותיהם. "במקביל פעלנו מול מצרים ומול הממשל האמריקני כדי להבטיח שאנשינו בתוך השגרירות יחולצו ללא פגע. אני מבקש להודות לנשיא ארצות הברית, ברק אובמה ברגע המכריע והוא אמר שיעשה ככל שיוכל ואכן עשה ואנחנו חבים לו טובה. הדבר מעיד על הברית האמיצה בין המדינות במיוחד בעת כזאת של טלטלה במזרח התיכון", אמר והוסיף גם תודות לממשל המצרי על התערבות כוחות הקומנדו ועל הכוונה להעמיד לדין את הפורעים. לדבריו, ישראל תמשיך לדבוק בהסכם השלום עם מצרים. "אנחנו פועלים יחד עם הממשלה המצרית כדי להחזיר את השגרירות בהקדם לאחר שיוסדרו סידורי הביטחון", אמר. ראש הממשלה סיפר לעיתונאים על שיחת טלפון שניהל במהלך ליל שבת עם יונתן, קצין הביטחון של השגרירות. "הפורעים חדרו לבניין ולמשרד, דלת אחת הפרידה בינם ובין יונתן וחבריו. הוא נשמע לי קר רוח, שקול ולצד זה הוא הבין היטב את המצב שהוא וחבריו שרויים בו. במהלך חילופי הדברים הוא אמר אם יקרה לי משהו, אני מבקש שתודיעו את הדבר להורים שלי בשיחה פנים אל פנים ולא בטלפון. עליתי על הקו ואמרתי לו - 'יונתן תחזיק מעמד, אני מבטיח לך שמדינת ישראל תפעיל את כל הקשרים והכוחות כדי שתחזרו הביתה'", סיפר. ראש הממשלה התייחס גם למשבר שבין ישראל לטורקיה ואמר כי ישראל מעוניינת בשיקום היחסים. "אנחנו מעוניינים להוריד את הלהבות עם טורקיה ואם אפשר - גם לשקם את היחסים איתה", הוסיף. "לאור מה שקורה בחודשים האחרונים במזרח התיכון רבים מבינים היום הרבה יותר טוב את העמידה המוצדקת שלנו להגן על ביטחון ישראל בכל הסדר עתידי", דברי נתניהו.