משרד החקלאות נערך לחגי תשרי ומבהיר כי כל נוסע הנכנס לישראל רשאי להביא עימו באופן אישי אתרוג אחד בלבד. את האתרוג יש להציג בשדה התעופה בפני נציג משרד החקלאות או המכס. נציג משרד החקלאות יבדוק ויזואלית במקום את האתרוג כדי לאשר שאין בו נגעים ומזיקים. שאר שלושת המינים אסורים בהכנסה עצמית לישראל מנימוקי הגנת הצומח ובריאות הציבור.
משרד החקלאות פועל באופן רציף על-מנת להבטיח אספקה סדירה של ארבעת המינים לכל דורש לשם קיום מצוות חג הסוכות. בימי החגים הפעילות בנתב"ג בעיצומה, וכך גם ניסיונות ההברחה של תוצרת חקלאית טרייה לישראל. בימי החגים הביקורת מתהדקת לאור ריבוי הטיסות לחו"ל ולאור ניסיון העבר המלמד כי בערבי החג ישנו ריבוי של הברחות הקשורות בחגי תשרי, כדוגמת: ארבעת המינים, דבש ורימונים. בזכות ערנותם של הפקחים ושל עובדי המכס, נתפסו בעבר בשדה התעופה לא מעט נוסעים שניסו להבריח תוצרת כזו, ובמיוחד רימונים.
משרד החקלאות ופיתוח הכפר פועל באופן רציף על-מנת להבטיח אספקה סדירה של ארבעת המינים בתחומי
ישראל לכל דורש לשם קיום מצוות חג הסוכות.
הברחת אתרוגים - תופעה מוכרת ניסיונות הברחת כמויות גדולות של אתרוגים לישראל היא תופעה מוכרת עימה מתמודדים פקחי ההסגר של המשרד מדי שנה. בשנים קודמות נתפסו משלוחים ומזוודות מלאי אתרוגים שהוברחו לישראל, בעיקר מאיטליה, מצרפת וממרוקו. טיסות מאזורים מועדים נבדקות בתקופת החגים באופן קפדני ודפי מידע על חשיבות הנושא והסכנה הטמונה בהברחת אתרוגים לישראל מופצים בין סוכנויות נסיעות, בתי כנסת בחו"ל ושדות התעופה.
היקף הגידול המקומי של אתרוגים הוא כ-1,000 דונם המניבים כמיליון אתרוגים בקרוב וכולו מיועד לשוק ארבעת המינים. הביקוש בישראל הוא לכ-700,000 יחידות בקירוב מדי סוכות. 300,000 יחידות נוספות מיוצאות מדי שנה לקהילות יהודיות בעולם. מחירי האתרוגים נקבעים על-פי רמת ההידור שלהם והקהילה הצורכת, והם נעים בדרך כלל בין 10 שקלים ל-500 שקלים. המחיר הממוצע לצרכן לאתרוג הוא כ-40 שקלים. כל קהילה צורכת הידור אחר - אתרוג תימני, שהוא אתרוג ענק ממדים, אתרוג מרוקאי, אתרוג שגדל בחבל קלבריה שבדרום איטליה, אותו צורכת קהילת חב"ד, ועוד.
כאמור, מדי שנה מתמודד משרד החקלאות עם תופעה של הברחת אתרוגים לקראת סוכות. על-מנת לצמצם את היקפי התופעה, מאשר משרד החקלאות בשנים האחרונות ייבוא אתרוגים מפוקח מקלבריה וממרוקו. לשם כך, ביצעה המחלקה להערכת סיכונים בייבוא במשרד החקלאות תהליך הערכת סיכונים ובסיומו אושר הייבוא בתנאים קפדניים, במטרה למנוע חדירת נגעים עם הפרי המיובא.
מדינת ישראל, ככלל, לא מאפשרת ייבוא של פירות הדר. הסיבה לכך היא שישנם נגעים רבים התוקפים את פירות ההדר ומסבים להם נזקים קשים ביותר, אשר אינם מצויים כלל בישראל, ולכן עלינו לעשות כל שביכולתנו על-מנת למנוע כניסתם. כניסה של נגע או ייבוא צמחים ומוצרי צמחים מחו"ל ללא פיקוח, עלולים להחדיר נגעים בעלי פוטנציאל גרימת נזק בלתי הפיך לצומח ולחקלאות במדינת ישראל, וכן לתחלואה בבני אדם ובבעלי חיים.
