בשנת 2008 מצא מבקר המדינה שיתוק ממשלתי והפקרות רבתי בהפעלת מתחם קבר רבי שמעון בר-יוחאי במירון, ובחוות דעת שפרסם הצביע על כך שניהול המקום בידי גורמים שונים יצר אנדרלמוסיה. שלוש שנים אחר-כך, מפרסם המבקר דוח מעקב וממנו מתברר כי כמעט רוב גדול של הליקויים לא תוקן. להלן עיקר הממצאים:

• אחריות על האתר - במרס 2009, החליטה הממשלה לבחון הקמת עמותה או חברה ממשלתית שתהא אחראית לטיפול הכולל בקבר רשב"י ובשטחים מסביבו. החלטת הממשלה לא יושמה. עבודת מטה שכלל גורמים מקצועיים נערכה חודשים, אך בסופו של דבר לא הושגו הסכמות בעיקר בסוגיית הרכב הדירקטוריון, המשקף את מרחב השליטה וההשפעה על אופן התנהלות התאגיד. לדעת משרד מבקר המדינה, על ראש הממשלה להיכנס בעובי הקורה ולהחיש את הטיפול בהצעת ההחלטה;

• המתחם בידיים פרטיות - מתחם הקבר אמור היה להיות מופקע מידי ההקדש הספרדי ולהתנהל באמצעות גורם ממשלתי. רק במאי 2011, חתם שר האוצר על הצהרת כוונות "לרכוש זכויות בקרקע הדרושה באופן דחוף לצורך ציבורי". עד היום המתחם עדיין בידיים פרטיות;

• הרוכלים לא פונו - המועצה האזורית מרום הגליל ביצעה שיפור מסוים ברמת התחזוקה, אך לא פעלה על-פי חוק עזר לפינוי הרוכלים;

• בנייה שלא-כחוק - כל תוספות הבנייה והשינויים במתחם רשב"י ובחלקה הסמוכה לו נעשו בלי אישור של הוועדה המקומית והוועדה המחוזית לתכנון ולבנייה. הכל נעשה תחת אפה של המועצה האזורית, שנמנעה מלפקח ולהוציא צווי הריסה חרף חוות הדעת של המבקר. לחלופין, אפשר היה להכשיר, ככל שהדבר ניתן על-פי החוק, את התוספות והשינויים התואמים את צרכי המקום, אך גם פעולה זו לא נעשתה. מהנדסת הקונסטרוקציה מטעם הקרן המשפצת את האתר לא אישרה את יציבות המבנים הלא-חוקיים וקבעה כי הם עלולים לסכן את יושביהם;

• קבצנות מטרידה - המעקב העלה כי ועדת החמישה - שעל-פי החלטת בג"ץ הוסמכה להחליט גם בדבר ניהול קופות הצדקה, כספי התרומות והשימוש בהם - קיימה פיקוח על חלק מקופות הצדקה בלבד. מלבד זאת רישום ההכנסות מקופות הצדקה שבשליטת ועדת החמישה וההוצאות מכספיהן אינו מבוקר כנדרש בידי רואה חשבון חיצוני. למרות האמור בהחלטת בית המשפט העליון, ועדת החמישה לא פיקחה על עלות עבודות השיפוץ. המעקב בעניין זה העלה כי המצב שתואר בחוות הדעת, ובכלל זה הקבצנות המטרידה את המתפללים, הלינה במקום והרוכלות בו, לא בא על פתרונו.

• ערוכים, אבל רק לל"ג בעומר - ההיערכות לל"ג בעומר שופרה. עם זאת הרשויות המוסמכות ובראשן ועדת החמישה לא הטילו על גורם כלשהו את האחריות לארגון אירועי ל"ג בעומר ולא יוחדה תשומת לב מספקת לאירועים רבים אחרים המתקיימים במשך השנה;

• כבישים צרים - תשתיות הדרכים עדיין אינן מספקות: מעבר תת-קרקעי להולכי רגל שהוקם, אומנם מקל במידה ניכרת את תנועת כלי הרכב לאתר. עם זאת טרם בוצעה תוכנית כוללת לשיפור מערך התנועה במירון, שבכללה הרחבת כבישי גישה צרים ושדרוג הדרכים הקיימות, כדי לאפשר תנועה חופשית של כלל כלי הרכב - ובייחוד רכב הצלה - באירועים רבי-משתתפים.

לדעת משרד מבקר המדינה, פיקוח מדוקדק מצד ועדת החמישה - שהוסמכה על-פי החלטת בית המשפט העליון, לנהל את אתר הקבר ולפקח על הפעולות הנעשות בו - וכן מימוש סמכויות אכיפה על-ידי המועצה האזורית מרום הגליל, מינהל מקרקעי ישראל, המשטרה והממונה על המקומות הקדושים ורב הכותל, והשלמת מהלך הפקעת המתחם עשויים לסייע להשליט סדר במקום. על הממשלה לקבוע את מידת מחויבותה לסייע למועצה האזורית לטפל באתר, ולחלופין לאכוף על המועצה האזורית, באמצעות משרד הפנים, למלא את תפקידה. על ועדת החמישה לעודד שיתוף פעולה בין מוסדות המדינה ובין ארגוני החסד והדת הפועלים במקום, כדי לנצל את היתרונות של המגזר הממשלתי ושל הארגונים הפועלים ללא כוונת רווח לניהול אפקטיבי ולפתרון הבעיות הקיימות. כך יתאפשר מתן שירות ראוי לציבור המבקרים הגדול באתר.