הרב מוטי אלון טוען, שאם ביצע את המעשים בהם הוא מואשם - הרי שלא היה להם כל אופי מיני. אלון הגיש (יום א', 22.1.12) לבית משפט השלום בירושלים את תגובתו לכתב האישום נגדו, בו הוא מואשם בביצוע מעשים מגונים בשניים מתלמידיו בשנים 2003 ו-2005.
לגבי האישום הראשון, טען אלון באמצעות סניגוריו - עוה"ד יעקב רובין, אריאל רובין וברוך רובין - כי אינו זוכר את המפגש עם המתלונן א', כיום בן 23. הלה טען, כי אלון אחז בידו, ליטף אותו בפניו ובגופו, ואף נשק לפניו זמן ממושך למרות התנגדותו. לדברי אלון, אם יוכח שאכן התקיים מפגש זה, אזי לא מן הנמנע שהוא אכן הניח את ידו סביב צווארו של א', ליטף אותו בפניו וחיבק אותו, כפי שהוא התנהג והתנהל עשרות שנים כלפי דורשי עצתו. הוא מכחיש, כי מעשים אלו, אם אכן נעשו על ידו, היו לשם גירויו המיני או בשל התנהגות מינית כלשהי מצידו.
לגבי המקרה השני עם אותו מתלונן, נטען בכתב האישום, כי אלון את א' לחדר, משך אותו והושיב אותו על ברכיו תוך שהוא נוגע בגופו באופן בוטה ומפעיל כוח על-מנת לאחוז בו. גם לגבי מעשה זה טוען אלון שאינו זוכר את המפגש, ואולם לא מן הנמנע, כי אכן חיבק את א' אך לשם גירוי מיני או כתוצאה מהתנהגות מינית כלשהי.
על-פי כתב האישום, אלון הגיע לנחם את ב', כיום בן 27, בעקבות תאונה שבה נהרג קרוב משפחתו. הפרקליטות טוענת, כי אלון הושיב את המתלונן בכוח, הצמידו לגופו ונישק אותו בפניו. לדברי אלון, הוא זוכר אירוע זה, אך מדובר היה בחיבוק וליטוף כביטוי להשתתפות בצערו של ב'. לטענת אלון, הנשיקות, גם אם היו באזור הצוואר והעורף, לא היו בכוונה מינית כלשהי אלא מתוך נחמה ועידוד.
