למרות המתיחות הגבוהה ביחס לסוגיית הגרעין האירני ופעולה צבאית אפשרית נגד מתקני הגרעין של האירנים ולמרות הערכות כי לא ניתן לחזות מראש את האופן שבה יתפתחו הדברים באזור לאחר פעולה שכזו לא קיימים בישראל די מקלטים ציבוריים שיכולים להגן על אזרחים מפני שימוש בנשק לא קונבנציונאלי.
מסמך שנשלח ב-19 בינואר 2012 מלשכת הרמטכ"ל אל מרכז המחקר והמידע של הכנסת קובע כי במדינת ישראל קיים מספר מועט של מקלטי ענק תקניים אשר עמידים בפני התקפות אב"כ (אטומי, ביולוגי, כימי). המכתב מציין שני מקלטים בלבד - מקלט חניון הבימה בתל אביב ומקלט שנמצא מתחת לבנייני האומה בירושלים.
"מקלטים אלו מיועדים לשהיה ארוכה - כלומר, מעל ל-72 שעות. מקלטים אלו הינם תקניים ובעלי מערכות איוורור וסינון ובכך עמידים בפני מתקפת אב"כ", נכתב במסמך.
עוד נכתב כי בימים אלה מתקיימת עבודת מטה על-מנת לאתר מקלטים גדולים. "פיקוד העורף יוזם הקמת מקלטים גדולים במסגרת פרויקטים לאומיים כגון תחנות תת-קרקעיות של הרכבת הקלה בתל אביב ומנהרות הכרמל", נכתב.
במסגרת עבודת המטה נמצאים אנשי פיקוד העורף בקשר עם הרשויות המקומיות לצורך מיפוי מרחבים מוגנים פוטנציאליים ובהם חניונים תת-קרקעים לטובת שימוש בהם בזמן חירום מתן יכולת לרשות המקומית לרציפות תפקודית בשעת חירום.
ניסיון של News1 לברר דרך פיקוד העורף האם קיימים מקלטים נוספים שעומדים בתקן - עלה בתוהו. לטענת גורמי צבא האחריות להקמת המקלטים הללו ולתפעולם מוטלת על הרשות המקומית. לאחר שהרשות המקומית מקימה מקלט שנועד להגנה מפני נשק לא קונבנציונאלי אמור להגיע נציג של פיקוד העורף על-מנת לאשר שמדובר במקלט תקני. למרות זאת, לא נקבו אנשי הצבא באף מקלט נוסף והפנו אותנו אל הרשויות המקומיות.
פניות שנעשו בימים האחרונים אל המרכז לשלטון המקומי בנושא לא נענו.