בדוח מופיעות גם שתי דעות מיעוט חדשות נוספות של הממונה על שוק ההון באוצר פרופ' עודד שריג ושל ראש המועצה הלאומית לכלכלה פרופ' יוג'ין קנדל. השניים, המתנגדים להמלצת הוועדה להכליל חברות אג"ח בספירת השכבות, כתבו כי המלצות הוועדה צפויות להביא למכירה של חלק מקבוצות האחזקה בישראל, ובכללן קבוצות אחזקה בנות שתי שכבות.
"כדי למנוע פגיעה לא מידתית בפעילות חברות, עמדתנו היא כי אין לספור חברת אג"ח המחזיקה בחברות ציבוריות תחתיה כשכבה במבנה פירמידאלי. למצער, יש לאפשר לחברת אג"ח להחזיק שתי שכבות של חברות ציבוריות לפרק זמן מוגבל (הצעתנו - במשך 5 שנים), בדומה להמלצת הוועדה להתיר הנפקת חברה מוחזקת לציבור כשכבה שלישית בפירמידה לפרק זמן קצוב", כתב שריג.
לדעת השניים, "ההמלצה מבחינה ללא סיבה בין מימונים שונים (הון סחיר ללא סחיר) ... ויוצרת העדפה לא מנומקת לדרך מימון מסוימת". כמו-כן, שריג וקנדל מתריעים בפני הסכנה שהמלצת הוועדה כפי שהיא בנושא זה, עלולה להקשות על רכישת ומכירתן של חברות אשר מכירתן נכפו עקב המלצות הוועדה. "ההמלצה ללא השינוי שלנו תפחית משמעותית את הכדאיות לבניית חברות אחזקה ציבוריות בעתיד", סיכמו.
במסמך דעת המיעוט של גל הרשקוביץ, הממונה על התקציבים, נכתב כי בהשוואה בינלאומית, ישראל יוצאת דופן הן בהיקף השליטה של הקבוצות העסקיות הגדולות במשק, והן בעומק הפירמידה הממוצע. "מבנה האחזקות של המשק הישראלי מביא לקיומן של כמה תופעות בלתי רצויות הנובעות מבעיות של
ניגוד עניינים, מבעיות של ריכוזיות כלל־משקית ומבעיות של הקצאת המקורות במשק", כותב הרשקוביץ שמזהיר מפני בעיית הסוכן, שבה מוטה הכף לטובת בעל השליטה על חשבון בעלי מניות המיעוט, כמו גם מתיעול משאבים", כתב.
עוד כתב הרשקוביץ, כי בהחלטתה לוותר על כלי הממשל התאגידי ככלי המרכזי לטיפול בבעיה, הוועדה בחרה בכלים פשוטים, ברורים וחדים לטיפול בשורש הבעיה שהגדירה. "ההחלטה לחזור ולהשתמש בכל זאת בכלי ממשל תאגידי ובהגדרת 'חברת פער' למניעת התממשות ניגודי העניינים בקבוצות העסקיות עומדת בסתירה להחלטה שנתקבלה לאחר השימועים. בנוסף, ככל הידוע לי, ההגדרה 'חברת פער' אינה קיימת במדינות אחרות ועשויה ליצור קשיים עבור משקיעים זרים, שיעדיפו להימנע מהשקעה בתאגידים שהרגולציה החלה עליהם אינה מוכרת להם".