המכון למחקר ביולוגי מתעלם מזה שלוש שנים מהחובה שנקבעה בחוק, לנהל רישום מדויק של ימי המחלה העומדים לזכות עובדיו ולעדכן אותם בתלושי השכר החודשיים בנוגע ליתרת ימי המחלה. כך קובע (3.4.12) שופט בית הדין האיזורי לעבודה בתל אביב, אורן שגב.
המכון הוא חברה ממשלתית, שעל-פי פרסומים זרים עוסקת בהיבטים שונים של נשק ביולוגי. על-פי חוק הגנת השכר משנת 2008, על המעביד לתת לעובדיו תלושי שכר הכוללים את המידע שנקבע בחוק, ובין היתר - על יתרת ימי המחלה. כאמור, המכון לא מילא חובה זו מאז נכנס החוק לתוקפו בפברואר 2009.
המכון הסביר את המחדל במה שכינה "מגבלות מיחשוביות וטכניות, הנובעות בין היתר משינויים ארגוניים שעברו על המכון", דבר שגורם לכך שהנתונים הרלוונטיים "אינם מצויים במאגר ממוחשב אחד". לדברי המכון, לגבי אותם עובדים המועסקים בו מלפני שנת 1993, הרישומים המתייחסים לניצול ימי המחלה כלל אינם נמצאים במדיה מגנטית אלא על גבי "טפסים מנייר או על גבי פלטי מחשב בלבד".
המדינה טענה שציות לחוק יפגע בתשלום השכר עוד טען המכון, כי "אין בהעדר הפירוט משום פגיעה כלשהי בזכות של מי מהעובדים", וכי "אילו המכון היה מפנה את כל משאביו לפתרון בעיית רישום יתרת ימי המחלה, הדבר עלול היה לגרום להפרות חוק מהותיות וחמורות בהרבה, כגון פגיעה בתשלום השכר השוטף". על טענה אחרונה זו אומר שגב: "לו נשמעה בפנינו מפיו של מעסיק פרטי, הייתה נדחית. בבואה מפי באי-כוח המדינה, ובנסיבותיו של התיק דנן - היא אינה ראויה, בלשון המעטה".
שגב דחה את טענות המכון באומרו, כי מרגע שהמחוקק קבע שיש לספק לעובדים מידע זה - אי-אפשר לטעון שההימנעות מכך אינה מהווה פגיעה בהם. הוא מעיר, כי אילו היה המכון מבקש בזמן ארכה מסוימת ליישום החוק ייתכן שהיה מקבל אותה, אך "אין כך הדבר שעה שמדובר במחדל שנמשך למעלה משלוש שנים תמימות!" הוא מותח ביקורת על סירובה העיקש של המדינה להפנות את הסכסוך לגישור ואומר, שהיה מקום לצפות שהיא תהווה דוגמה לשמירה על יחסי עבודה תקינים.
המכון חויב באופן חריג בהוצאות לדברי שגב, "משקבע המחוקק סנקציות פליליות למי שאינו מקיים את ההוראות החדשות, אין בידי בית הדין להכשיר מחדל שמוגדר כעבירה פלילית, ואין הוא יכול להתייחס בסלחנות כלפי המשיבה [המדינה], שבה בשעה שפתוחה בפניה הדרך להגיש כתבי אישום כנגד מעסיקים, שאינם מקיימים את הוראות החוק, היא עצמה מודה בהפרתו המתמשכת. אין זאת אלא, שהיענות לדרישת המשיבה להכיר בקשיים הטכניים, שלטענתה מונעים ממנה לקיים את הוראות החוק, משמעה מיניה וביה קבלת משטר משפטי כאוטי, המנוגד תכלית הניגוד לבריח התיכון של כל משטר דמוקרטי - השוויון בפני החוק ועיקרון הציות לו ע"י כולם".
שגב הורה למכון להשלים תוך חודשיים את רישום יתרת ימי המחלה ולמסור את המידע לעובדים בתלושי השכר. באופן חריג, חויב המכון בתשלום הוצאות בסך 10,000 שקל, בשל התנהלותו לאורך השנים ובמסגרת התביעה נגדו.