במאי 2007 החליטה הממשלה לקדם את הליכי התכנון והפיתוח הסטטוטוריים של רציפים חדשים בנמל אשדוד ובנמל חיפה בלוחות זמנים שיאפשרו את השלמת התכנון והפיתוח של רציף אחד לפחות בכל אחד מהנמלים, ובכלל זה את השלמת התכנון והפיתוח של התשתיות הנדרשות להפעלתו, לא יאוחר מתחילת שנת 2015.
עם זאת, בדיקת
מבקר המדינה מסוף 2011 מעלה (יום ג', 1.5.12) כי טרם הסתיימו ההליכים הדרושים לבניית נמלים חדשים על-פי החלטת הממשלה משנת 2007, וטרם הסתיימו שלבי הכנת הפרויקט: קבלת אישור השרים לשיטות מימון ההקמה וההפעלה של הרציף, למיקומו ולעיתוי פיתוחו והפעלתו; קבלת האישורים הסטטוטוריים הנדרשים; הכרעה במחלוקות בין גופים שונים; ופרסום מכרז ליזם להפעלת הנמל הראשון שיוקם, עובדה שמעכבת חלק מעבודות התכנון - אלה מהן התלויות בשיטות העבודה של המפעיל העתידי.
עוד העלתה הביקורת כי על-פי הערכותיה של חברת נמלי ישראל, העיכוב בהקמת הנמלים החדשים יגרום לצפיפות רבה בנמלים, להארכת זמני השהייה וההמתנה של אוניות בנמלים, ובעקבות זאת - להעלאת העלות הכוללת של ייבוא סחורה וייצואה. לפי רשות הספנות יהיה צורך ברציפי מים עמוקים משנת 2014 ואילך. ממועד זה צפוי שהספינות בצי הספנות העולמי בנתיבי אסיה - הים התיכון - אירופה יהיו בגדלים שהנמלים הנוכחיים לא יוכלו לתפעל. להערכת הרשות, בשל אי-התאמת הנמלים לגודל האוניות יהיה צורך להזין את כלל המטענים בנמלי מדינות אחרות. ההזנה תאריך את זמני הספקת הסחורות ותייקר את עלויות הסחר הימי בסכום של כ-300 מיליון דולר לשנה משנת 2015 ואילך.
כמו-כן, במועד סיום הביקורת, כשבע שנים לאחר מועד חקיקת החוק, טרם נחתם בין חברת נמלי ישראל ובין המדינה הסכם חכירה המסדיר את העברת הזכויות במקרקעין שהועברו מהמדינה לחברה, וטרם נחתמו הסכמים מפורטים בין החברה ובין חברות הנמל בנוגע לנכסים שהחברה העמידה לרשותן, כמתחייב מחוק הספנות והנמלים.