בבית העלמין "הר המנוחות" בגסעת שאול בירושלים, הובא למנוחת עולמים (יום ב', 30.4.12) בן ציון נתניהו. בהלוויה השתתפו גם נשיא בית המשפט העליון אשר גרוניס והנשיא לשעבר מאיר שמגר, הרמטכ"ל בני גנץ, יושב-ראש הכנסת ראובן ריבלין, ראש המוסד תמיר פרדו, הרבנים הראשיים, שרים, שרים לשעבר, חברי כנסת ואישי ציבור. הפרופסור נתניהו, הלך אמש לעולמו והוא בן 102. אמש, הספיק בנו, ראש הממשלה בנימין נתניהו, לבקרו בפעם האחרונה. היום הוא ספד לו, ובין היתר אמר: "איך אוכל לתאר את כל מה שהענקת ליוני, לעדו ולי, ברגעים הקשים ביותר. תמיד הראית לנו מהי מחויבות לאומה ולמדינה, אבל לא פחות מזה - גם לנו. לפני שנתיים, ביום הולדתך ה-100 הייתה לי זכות נדירה שאיננה ניתנת לבנים רבים לומר לך, אבא, עוד בחייך, כמה אני אוהב אותך ומעריץ אותך. "לפני כמה שבועות, כשמיאנת לאכול, הזכרתי לך את אותו יום בניו-יורק בשנות ה-50. היינו שלושת הילדים במלון, השעה הייתה מאוחרת, סופת שלג עזה השתוללה בחוץ, הייתי ילד קטן ורעב. אתה אמרת לאימא: 'אני לא מוכן שהילד ילך לישון רעב'. חזרת רטוב וקפוא עד לשד עצמותך כשאתה מחזיק בידך מגש אוכל חם לילדך הקטן. לא היססת מעולם לצאת לסופה", סיפר נתניהו, "יום אחד, כשהגדשתי את הסאה, אימא ביקשה ממך לרסן אותי. נעת לעברי בתנועה מאיימת, למרות שמעולם לא הרמת עלינו את ידך. התרסתי מולך: 'אתה לא תעיז. רק בגלל שאתה גדול ממני זה לא אומר שמותר לך להרביץ לי'. הרהרת לרגע ואמרת 'הילד צודק'". לנאום המלא - ראו משמאל. נשיא המדינה, שמעון פרס, סיפר בהספדו: "לפני שלושה ימים ביום העצמאות שאלתיך ביבי על שלום אבא. שפתיך התהדקו, עיניך דמעו". פרס תיאר את היכרותו עם פרופ' נתניהו ואת פגישתם העצובה עם סיומו של מבצע אנטבה: "הכרתי את פרופסור בן ציון נתניהו לפני שפגשתיו. קראתי את ספריו חסרי המנוחה ההיסטורית שמהם עלתה אישיות מוצקה כסלע... לא ידעתי אז שאפגוש בו ברגע נשגב בחיי עמנו. שהיה גם רגע טרגי בחייו הוא. ראיתי את בן ציון ליד קברו של יוני, לבו שבור. כצוק איתן. הוא לא רצה שהיגון האישי יגבר על הגאון ההיסטורי. יוני עשה היסטוריה, היסטוריה נועזת לפי מורשת אביו. ובן ציון המבכה בנפשו את בנו שלא לשווא נפל. הבן- הוא הביא הצלה ודחה כניעה". הנשיא התייחס בדבריו לדור ההמשך שהעמיד פרופ' נתניהו ואמר: " שלושה בנים כל אחד בדרכו הוא. כולם מקשה אחת של אהבת הורים ואחוות אחים. הבכור, לחם במבצע מזהיר שהציל חיים והעניק כבוד בל יישכח לעמו. בן אחר, ביבי, לוחם גם הוא. היה למנהיג בעמו. מנווט את ספינתו הלבדית בשוך גלים גבוהים. הנווט כספינתו-אינו מאבד את נתיבו. גם ידו מחזיקה בהגה. ובן הזקונים כאחיו, לוחם גם הוא, וסוגר מעגל אנושי כרופא וסופר... בן ציון הלך מעמנו שבע ימים שהיו. ורעב לדורות שיבוא. הוא לא התעייף. כשלבו נדם צפיותיו לא תמו".