התקציב הדו-שנתי (2012-2011) הוא מקור לגאווה רבה בעיני שר האוצר,
יובל שטייניץ, הטוען שהדבר משפר את התכנון ארוך הטווח. אך בדיקת
מבקר המדינה לגבי הכנת התקציב ועדכונו מאז 2009 מעלה את הספק, האם אכן יש מקור לסיפוק כה רב.
בדיקת תוכניות העבודה של משרדי הממשלה לשנים 2010-2008 העלתה שרובן לא הכילו תוכניות ותפוקות ארוכות טווח, שיש בהן כדי לשקף את הפעילות במשך כמה שנים. האגף לתכנון מדיניות והאגף לתיאום מעקב ובקרה שבמשרד ראש הממשלה או אגף התקציבים שבמשרד האוצר אינם מבצעים בדיקה השוואתית רב-שנתית בנושא מידת עמידתם של משרדי הממשלה בתפוקות שתוכננו ונקבעו בתוכניות העבודה.
אין די שיתוף פעולה בין משרד האוצר לשאר משרדי הממשלה, כדי להבטיח שהמשימות שהוגדרו בתוכניות העבודה השנתיות של המשרדים יתוקצבו באופן שיאפשר להשיג את יעדיהן. קיים נתק בין הכנת תוכניות העבודה של המשרדים ובין תהליך התקצוב של עבודתם. בספר תוכניות העבודה של משרדי הממשלה לשנת 2011 לא מפורטים התקציבים הנדרשים או המאושרים לשם השגת מטרות המשרדים, והדבר פוגע באפשרות הפיקוח והבקרה על ביצוע התקציב ותוצאותיו.
בקרה והסקת מסקנות לטווח של שנה בלבד משרד ראש הממשלה ואגף התקציבים לא ביקשו וממילא לא קיבלו ממשרדי הממשלה תוכניות עבודה מעודכנות לשנים 2010-2008, אף שחלו שינויי תקציב העלולים לפגוע ביכולת המשרדים לבצע את משימותיהם ולעמוד ביעדים שהם קבעו. מדריך התכנון הממשלתי שפרסם משרד ראש הממשלה אינו מנחה את המשרדים לקיים מערכת בקרה והסקת מסקנות על יסוד ביצועיהם בפרק זמן של יותר משנה אחת.
תוכנית התקציב הרב-שנתית, שאגף התקציבים מגיש לממשלה ולכנסת בכל שנה, אינה מפרטת את אופן חלוקת התקציב לכל אחד מהמטרות והיעדים של הממשלה ואת אופן חלוקת התקציב למשרדים על-פי המטרות והיעדים הללו. המתכונת הקיימת של תוכנית התקציב הרב-שנתית אינה תורמת תרומה ממשית לתכנון רב-שנתי של פעולות המשרדים ולתכנון לאומי לטווח ארוך, איננה משקפת יעדים לטווח הבינוני והארוך, וממילא איננה מאפשרת לבחון את מידת השגתם.
אין חלוקה בין משרד רה"מ למשרד האוצר ממצא חשוב במיוחד של המבקר מתייחס לאמצעי החביב ביותר על האוצר למימון הוצאות מיוחדות: קיצוצי רוחב. החלטות אלו מתקבלות בלי שנבחנת השפעתן המצטברת של ההפחתות מהשנים הקודמות. מקבלי ההחלטות אינם מקבלים מידע על מאפייני התקציב הפנים-משרדיים, ובכלל זה על מידת גמישותם של תקציבי התחומים והפעילויות בכל משרד.
ההפחתות הרוחביות מעצימות במרוצת השנים את ההשפעות השליליות של העדר תוכנית תקציב רב-שנתית מפורטת: לא זו בלבד שתמונת ההוצאה העתידית אינה ברורה דייה, אלא שמושתות על התקציב הפחתות שאינן תואמות בהכרח את תוכניות העבודה של המשרדים ואינן עולות בקנה אחד עם סדר העדיפויות של הממשלה.
וזה לא שעבודת המטה טובה יותר: הממשלה לא הבהירה את אופן חלוקת הסמכויות בין המועצה הלאומית לכלכלה שבמשרד ראש הממשלה ובין משרד האוצר בכל הנוגע לתהליך הכנת תקציב המדינה. בלשכת שר האוצר, בלשכת מנכ"ל המשרד ובאגף התקציבים לא נמצאו מסמכי מטה, ניירות עמדה, סיכומי דיון ופרוטוקולים של ישיבות העוסקות בהכנת התקציב השנתי ולא נמצאו סיכומי דיונים שעסקו בענייני תקציב וכלכלה מהותיים ושבהם התקבלו החלטות בנושא. תהליכים מרכזיים של השלטון - כגון תהליך הכנת תקציב המדינה בידי משרד האוצר - מתבצעים ללא רישום של פרוטוקולים וללא תיעוד של הישיבות ותהליך קבלת ההחלטות.
שש שנים לאחר שפורסמו ממצאי הדוח הקודם בעניין הכנת תקציב המדינה ועדכונו, לא זו בלבד שחלק מהליקויים שהועלו בו טרם תוקנו, אלא שהתגלו ליקויים נוספים - מסכם המבקר ביובש.
