בעשור האחרון (2010-2000) נקלעה מערכת ההשכלה הגבוהה למשבר כספי עמוק, ואחת הדרכים להתגבר עליו הייתה פיתוח תוכניות לימודים מיוחדות, שלבוגריהן מוענק תואר אקדמי. מדובר בשני סוגים עיקריים של תוכניות: תוכניות לימודים שהוועדה לתכנון ולתקצוב (ות"ת) של המועצה להשכלה גבוהה (מל"ג) אינה משתתפת במימונן וששכר הלימוד המשולם עבורן גבוה מהרגיל; תוכניות לימודים לאוכלוסיות ייעודיות (לפי מקומות עבודה או מגזרים), בהן שכר הלימוד הוא רגיל. בשנת הלימודים תשס"ט הקיפו תוכניות אלו 4,200 סטודנטים.
בידי מל"ג וות"ת לא היו נתונים מלאים ומעודכנים על תוכניות הלימודים המיוחדות שהפעילו המוסדות להשכלה גבוהה, ולכן הן לא יכלו לקיים בקרה ופיקוח נאותים. בנובמבר 2004 קבעה מל"ג, היקף תוכניות הלימודים לאוכלוסיות ייעודיות רחב בהרבה מהרצוי והחליטה, כי על המוסדות המבקשים לקיים תוכניות לימודים כאלה לקבל את אישורה לפני פתיחתן. ואולם, אוניברסיטאות תל אביב ובר-אילן לא ביקשו אישור כנדרש (ל-19 תוכניות של ת"א שהופעלו בשנת תשע"א וליותר מ-20 בבר-אילן) - ללא תגובה של ות"ת.
סף קבלה נמוך לתלמידים, שכר גבוה למרצים ספי הקבלה שקבעו אוניברסיטאות תל אביב ובר-אילן עבור מועמדים לכמה תוכניות מיוחדות היו נמוכים מאלו שקבעו לתוכניות הרגילות. מל"ג מצידה לא קיימה כל פיקוח ובקרה על האוניברסיטאות בעניין זה. מליאת מל"ג לא דנה בנושא התוכניות החוץ-תקציביות, אף שלנושא זה השפעה מהותית - תקציבית ואקדמית - על מערכת ההשכלה הגבוהה בכללותה. ות"ת מצידה לא יזמה דיון בנושא זה במליאת מל"ג, על-אף החלטה מפורשת של מליאת ות"ת מיולי 2002 ולפיה היא לא תקבל החלטות בעניין זה לבדה אלא תעביר את העניין לדיון במל"ג.
בכללים שקבעה ות"ת בנושא עבודה נוספת של חברי סגל אקדמי אין התייחסות ולהעסקתם בתוכניות הלימודים המיוחדות, אך ות"ת מתייחסת לעבודה כזאת, במכתבים שהיא מוציאה למוסדות, כמו לעבודה נוספת מחוץ למוסדות. ות"ת העירה לאוניברסיטאות שפעלו בניגוד לכללים, אך לא דרשה מהן דיווח על פעולותיהן בעניין ולא נקטה שום פעולה ממשית, גם כאשר היה מדובר בחריגות חוזרות ונשנות ובחריגות מהותיות או בוטות במיוחד. במספר מקרים שילמו תל אביב ובר-אילן למרצים בתוכניות אלו שכר גבוה מהמותר (עד פי שמונה באוניברסיטת תל אביב).
הכניסה לתלמידי התוכנית המיוחדת בלבד בהתייחסו לליקוים המינהליים בנושא זה באוניברסיטת תל אביב מציין המבקר בין היתר, כי התוכניות נעזרות בתשתיות מינהליות של האוניברסיטה ומתקיימות במבנים שלה שנבנו מכספי מדינה או מתרומות שניתנו למטרות ציבוריות. האוניברסיטה אף שיפצה באיכות מיוחדת קומה שלמה בבניין בית הספר למינהל עסקים ע"ש רקנאטי לשימוש אחד מהמכונים; הכניסה לקומה זו אינה אפשרית לכלל הסטודנטים, והיא מתבצעת באמצעות כרטיס אישי המונפק רק לתלמידי המכון.
גם בבר-אילן נמצאו ליקויים. ביניהם: בין האוניברסיטה לבין צה"ל או משרד הביטחון לא נחתם הסכם המעגן את חובותיהם וזכויותיהם של כל אחד מהצדדים בהתקשרות להפעלת תוכנית חוץ-תקציבית מסוימת, ובכלל זה בדבר התמורה שתקבל האוניברסיטה בגין הפעלת התוכנית והתנאים המפורטים לקבלתה. בשל כך התגלעו בשנת 2010 חילוקי דעות בין הצדדים בנוגע לדרישת האוניברסיטה לקבל מצה"ל או ממשרד הביטחון מיליון שקל בגין שנות הלימודים תשס"ח-תש"ע.
המבקר מסכם: "בטיפולן בנושא תוכניות הלימודים המיוחדות שמפעילים המוסדות להשכלה גבוהה (ובמיוחד האוניברסיטאות) לצד התוכניות הרגילות נכשלו מל"ג וות"ת במילוי התפקידים שהוטלו עליהן ובכך נפגעה יכולתן לשמור על קיום האינטרסים הציבוריים".
מלבד פיקוח שוטף ופרטני, אומר המבקר, על מל"ג וות"ת לקיים הערכה כוללת באשר למגמה המסתמנת בתחום זה לאורך השנים ולבחון מכלול של היבטים תקציביים, ארגוניים ותכנוניים הנובעים מכך. הגידול במספר התוכניות המיוחדות, הנובע במידה לא מעטה מהבעיות התקציביות שעימן נאלצות האוניברסיטאות להתמודד במהלך השנים, מחייב את מל"ג וות"ת לבצע הליכי בחינה והערכה יסודיים, לרבות ניתוח היבטים תקציביים כוללים. "מהגידול במספר התוכניות החוץ-תקציביות והתוכניות הייעודיות בלא קיום הליכי פיקוח נאותים ובלא שתתקיים הערכה ובחינה כוללת בנושא, עולים סממנים של הפרטה בלתי מתוכננת ובלתי מבוקרת", מסיים הדוח.
כרטיס האשראי של עליזה שנהר פרק נוסף בתחום ההשכלה הגבוהה מצביעה על ליקויים מינהליים במכללה האקדמית עמק יזרעאל. בין השאר מגלה הדוח, כי הנהלת המכללה שכרה חברת חקירות כדי לגלות מי התלונן בפני ות"ת ומשרד המבקר על העסקתו הבלתי-תקינה של סגן נשיא המכללה למחקר, פרופ' יורם פלדון. התקשרויות של המכללה עם ספקים לא עמדו תמיד בכללי חוק חובת המכרזים (כולל התקשרויות ללא מכרזים כלל), וההתקשרות עם היועץ המשפטי החיצוני לא נעשתה בהתאם לכללי המינהל התקין. נשיאת המכללה, פרופ'
עליזה שנהר, והמנכ"ל יורם רז קיבלו כרטיסי אשראי של המכללה, אך לא נקבע מהם השימושים המותרים בהם, והשניים לא צירפו אסמכתאות לחלק מההוצאות שביצעו.
לשנהר ולרז הונפקו כרטיסי אשראי שההוצאות בהם נזקפות לחשבון המכללה. אין במכללה נוהל או הנחיות להסדר השימוש בכרטיסי האשראי של המכללה על-ידי בעלי תפקידים במכללה. המכללה לא קבעה מהן ההוצאות המותרות לבעלי התפקידים באמצעות כרטיס האשראי, מהם הסכומים המותרים להוצאה, מיהו הגורם המאשר את ההוצאות, ואילו אסמכתאות והסברים דרושים לאישור ההוצאות. נשיאת המכללה והמנכ"ל לא צירפו אסמכתאות לחלק מההוצאות שביצעו בכרטיס.
למבקר יש מסקנות רוחב מבדיקה זו: על מל"ג וות"ת לבחון את ממצאיו של דוח זה גם ביחס לפעילות הפיקוח שלהן בקשר לכלל המכללות. יש לתת את הדעת על הנושאים האלה: איסוף מידע וקבלת דיווח שוטף על תחומי הפעילות במכללות האקדמיות; הצורך בקביעת המעמד המשפטי הראוי של המכללות; הצורך בפרסום הנחיות מתאימות ותקנון לדוגמה למכללות. על מל"ג וות"ת גם לסקור את תקנוניהן של כל המכללות ולוודא שהם אינם חורגים מהנחיותיהן.
