הברון בנימין רוטשילד רכש לפני קום המדינה זכויות על אדמות רבות בארץ ישראל, בהן אדמות קיסריה, והעבירן למדינת ישראל. בינואר 1962 חתמו שר האוצר דאז, לוי אשכול, והברון אדמונד רוטשילד (נכדו של הנדיב הידוע) על הסכם, ולפיו הצדדים ישתפו פעולה בפיתוח אדמות קיסריה באמצעות החברה לפיתוח קיסריה, ופירות פעילותה של החברה יופנו לקידום ההשכלה הגבוהה באמצעות קרן קיסריה שהוקמה באותה שנה.
אדמות קיסריה כוללות שכונות מגורים, אתרי ספורט ופנאי, אזור תעשיה ושטחים חקלאיים. על-פי נתוני הקרן, בתחילת שנת 2011 היו בידיה 12,800 דונם קרקעות פנויות, בהן 286 דונם למגורים וכ-11,180 דונם לחקלאות. במחצית שנת 2011 התגוררו בקיסריה 4,700 נפשות. בסוף 2010 היו לקרן 1.3 מיליארד שקל ועודפי נזילות של 476 מיליון שקל - אך באותה שנה היא תרמה 21 מיליון שקל בלבד.
על-אף הגידול הניכר במשאביה, מועצת הקרן לא שקלה לשנות את שיעור התרומות מרווחיה שהיא נותנת והוא נותר כפי שנקבע בשנת 1989. מועצת הקרן ומדינת ישראל לא בחנו מה צריך להיות הון הקרן והרכבו ומהי רמת הנזילות הסבירה אשר תבטיח את המשך קיומה של הקרן (ופעילותה התקינה של החברה), אשר על בסיסם ניתן יהיה לקבוע את היקף התרומות הראוי שעל הקרן לתרום. כמו-כן הם לא קבעו את יעדי השימוש בעודפים אלו.
מאז הקמתה הייתה הקרן פטורה מתשלומי מס הכנסה ומס שבח מקרקעין, למרות שהפטור לא עוגן בחקיקה. בשנת 2010 הטילה רשות המיסים על הקרן לשלם מיסים בסך 145 מיליון שקל, והנושא תלוי ועומד בבית המשפט.
באוקטובר 2006 מסרו מנהל רשות החברות הממשלתיות דאז, אייל גבאי, והחשב הכללי דאז, ד"ר
ירון זליכה, מסמך לארבעה שרים שכיהנו באותו מועד: שר האוצר,
אברהם הירשזון; שר המשפטים,
מאיר שטרית; שר הפנים,
רוני בר-און; שרת החינוך, פרופ'
יולי תמיר. הם הציגו השגות על תפקודה של הקרן, וציינו שמבני השליטה והניהול שלה מונעים את חלוקתם של עודפי כספים עצומים שנצברו בקופתה, ולכן אינם יוצרים תמריצים למימוש המקרקעין הרבים שבידיה, ומאפשרים לקרן להמשיך וליהנות מפטורים ומהקלות בתשלומי מיסים. ארבעת השרים לא עשו דבר.
המבקר קובע, כי על מועצת הקרן ובעלי המניות בה - מדינת ישראל ובית רוטשילד - לבחון את השאלה האם נוכח הזמן שחלף ונוכח שינוי הנסיבות והגידול במשאבי הקרן, אין מקום לשנות את שיעור התרומות שהיא נותנת. בכלל זה יש לבחון מהו היקף ההון ועודפי הנזילות שעל הקרן להחזיק כדי להבטיח את המשך פעילותה ופעילות החברה באופן תקין וכדי לחזק ולקדם את יעדיה. בדרך זו תמוצה מטרתה החברתית החשובה של הקרן - קידום ההשכלה הגבוהה בישראל. הימנעות מפעולה זו עלולה להביא לניצול של כספים מחוץ למטרות הקרן.
יש גם לתת את הדעת לסדרי חלוקת העושר האיזורי הנובע ממשאבי המדינה בין היישובים שבסביבת קיסריה, שכן זו דרכה של המדינה לאזן בין פערים כלכליים וחברתיים. ראוי ששר הפנים, בשיתוף שר האוצר ושר המשפטים, ישקלו להקדים ולקבוע, עוד לפני שיפוג תוקפו של ההסכם בין הממשלה ובין בית רוטשילד בשנת 2022, מהי המתכונת הנכונה וההוגנת להפעלת פארק התעשיה וחלוקת רווחיו.
