בדצמבר 2002, לאחר ירי שני טילי כתף על מטוס נוסעים ישראלי במומבסה שבקניה, הנחה ראש ה
ממשלה דאז,
אריאל שרון, לפעול להתקנת מערכת מיגון מסוימת על מטוסי נוסעים ישראלים כמענה מיידי (מערכת א'), ולפתח מערכת אחרת כפתרון לטווח הארוך (מערכת ב'). באוקטובר 2007 קבע ראש הממשלה דאז,
אהוד אולמרט, כי יש להשלים מיידית את פיתוח המערכת לטווח ארוך.
בינואר 2009 החליטה ועדת השרים להנחות את משרד הביטחון לחתום עם חברה מסוימת על חוזה התקשרות לפיתוח והתקנה של מערכת ב' על מטוסי נוסעים של חברות תעופה ישראליות, וכי על שר האוצר להקציב לנושא זה 405 מיליון שקל, לאחר גיבוש הסכם התקשרות עם החברה המפתחת.
משרד התחבורה, שנקבע כגורם בעל האחריות הכוללת לניהול הפרויקט של מערכת א', לא הקים מסגרת משימתית שתישא באחריות למימוש הפרויקט, ולא הוגדרו התפקידים והסמכויות של כל אחד מהגורמים המעורבים בפרויקט ויחסי הגומלין ביניהם. כמו-כן, לא גובשה תפיסה לניהולו האינטגרטיבי של הפרויקט, המביאה לידי ביטוי את מאפייניו הייחודיים. גם כאשר עלו סוגיות מהותיות, הסיכומים וההחלטות שהתקבלו היו לעתים סותרים, חלקם לא מומשו כלל, או שמומשו באיחור רב. נוכח אי-ישימות הפרויקט, החליט במארס 2011 ראש הממשלה,
בנימין נתניהו, "להשהות את התקנת המערכות [א'] במטוסים, ולשמר את היכולות והזיוודים של המערכות למקרה שיוחלט על שימושם בעתיד".
על-אף הדחיפות שנדרשה במתן מענה לאיום, חוזה ההתקשרות לפיתוח ולהתקנה של מערכת ב' נחתם רק ביוני 2009 - שש שנים וחצי לאחר החלטתו של שרון על הצורך בפתרון זה. במארס 2011 קבע נתניהו שיש להאיץ משמעותית את פיתוח המערכת ואת התקנתה על המטוסים.
בהמשך לכך, היה על משרד התחבורה להגיש הצעת החלטה מעודכנת לאישור ועדת השרים בנוגע לחלוקת ההוצאות בין המדינה וגופים אחרים. על-אף שמדובר בנושא בעל דחיפות לאומית ביטחונית, ובכל יום שחולף ללא טיפול קיים סיכון לתעופה האזרחית ולאלפי נוסעים, רק לאחר מועד סיום ביקורת המעקב, הרי שרק חמישה חודשים מאז קביעתו של נתניהו, עדכן משרד התחבורה את הנוסח הסופי של הצעת ההחלטה.
המבקר קובע בחריפות, שמדובר ב"מחדל מתמשך בהיערכות להגנה על התחבורה האווירית האזרחית הישראלית. על-אף שכל הגורמים הבכירים - ראשי ממשלה, שרים ומנכ"לים - קבעו שמדובר בפרויקט חשוב וחיוני, הוא התנהל לאורך השנים בחוסר יעילות ונחישות מצד הגורמים האחראים למיגון התעופה האזרחית, ובראשם שרי התחבורה שכיהנו מאז שנת 2003, וכן שרי האוצר ומנכ"לי משרד ראש הממשלה.
"יש לראות בחומרה יתרה מצב שבו למרות ההתרעות בגין סכנה לתעופה האזרחית ולמרות קביעות ראשי ממשלה לאורך השנים, נותר פער בין עוצמת האיום ומימוש המענה, ותוצאות העיכוב המתמשך בהתקנת המערכות על המטוסים עלולות להיות חמורות. על כן, על כל הגורמים המעורבים, בהובלת שר התחבורה ומנכ"ל משרדו ובתיאום הדוק עם משרד האוצר, לפעול בדחיפות לפתרון הסוגיות העומדות על סדר היום".
