ההתנהגות של ארד בפברואר 2011 הכין ראש המל"ל דאז,
עוזי ארד, מסמך שכותרתו "חוק המטה לביטחון לאומי - דוח התקדמות", בו הצביע על הנושאים שלא טופלו בידי המל"ל. עוד באותו חודש הועבר הדוח למשרד
מבקר המדינה. המבקר מעיר: "בתגובתו לממצאי הביקורת מסר משרד ראש הממשלה, כי המסמך הועבר למשרד מבקר המדינה בלי שראש הממשלה עיין בו". דבר זה מלמד משהו על צורת ההתנהלות של ארד.
נתניהו מסתייג מהחוק דוח המבקר חושף את הסתייגויותיו העקרוניות של
בנימין נתניהו מסעיפים מרכזיים בחוק המל"ל. כך למשל אמר נתניהו למבקר,
מיכה לינדנשטראוס: "אדם אחד שנותן לך את ההמלצות, זה מתכון לצרות". ואילו משרד ראש הממשלה מסר למבקר, כי לדעתו יש לנהוג בזהירות ביישום החוק, "לבל יקום הגולם על יוצרו ולבל תיפגע יכולתו של ראש הממשלה לממש את אחריותו העליונה, לפעול לטובת ביטחון מדינת ישראל".
לא משתפים פעולה אחת הבעיות העיקריות של המל"ל היא מאבקי כוח עם גופים אחרים ובראשם מערכת הביטחון. לינדנשטראוס אומר: "חלק מהגופים במערכת הביטחון ובגופים הביטחוניים הכפופים לראש הממשלה [המוסד, השב"כ, הוועדה לאנרגיה אטומית] לא שיתפו פעולה עם המל"ל, דבר שהתבטא בין היתר באי מסירת מידע למל"ל, אי התייצבות לדיונים בנושאי חוץ וביטחון והתנגדות לקיום דיונים שאותם רצה המל"ל לקיים בקבינט". הפתרון של משרד ראש הממשלה: המל"ל צריך לשפר את דרכי התקשורת שלו עם הגופים האחרים ולהציג יכולות מקצועיות מעולות שיעודדו אותם לשתף פעולה איתו. תשובתו של לינדנשטראוס: נתניהו חייב "לנקוט צעדים בעניין זה ולא להסכין למצב המתואר... עליו להפעיל את סמכותו ועל-פי הצורך לחייב את כל הגופים הביטחוניים הנוגעים בדבר ליישם את החוק".
המוסד והשב"כ נגד ראש המוסד לשעבר,
מאיר דגן, הודיע למשרד המבקר שהוא מתנגד מכל וכל להעברת מידע גולמי לראש המל"ל בשל "סכנה לביטחון מקורות רגישים". ראש השב"כ,
יורם כהן, טען שהחוק בנושא זה נרחב מדי ויש לצמצמו כך שיקבע, כי ראש המל"ל יקבל רק חומר שראש הממשלה יקבע שהלה זקוק לו לצורך מילוי תפקידו. כדאי להזכיר, שכיום עומד בראש המל"ל אלוף (במיל.) יעקב עמידרור.
מה עם וינוגרד? אחד מתפקידיו של המל"ל הוא לעקוב אחרי יישום המלצות
ועדת וינוגרד שהוקמה לבדיקת כשלי מלחמת לבנון השנייה. באוגוסט 2009 קבע המל"ל: "חלק מההמלצות של ועדת וינוגרד יושמו באופן חלקי או שלא יושמו כלל". המל"ל הגיש שורה של המלצות לשינוי המצב, אך לא עשה דבר ליישומן. לינדנשטראוס מעיר ביובש, כי ארבע שנים אחרי פרסום המלצות הוועדה - ראוי שנתניהו יבדוק את יישומן ויפעל בהקדם למימושן.
בסיס ידע חלקי ביותר האם שרי הממשלה מבינים בתחומי חוץ וביטחון? ועדת וינוגרד הצביעה על חוסר הידע שלהם כאחד מהגורמים לכשלים במלחמת לבנון השנייה, והמל"ל אמור היה לטפל בבעיה. באפריל 2010 קבע המשנה לראש המל"ל, תת-אלוף (במיל.) אבריאל בר-יוסף: "נכון להיום, בסיס הידע של מרבית שרי הקבינט הינוח חלקי ביותר". שימו לב - הקבינט, לא מליאת הממשלה. לינדנשטראוס אומר שהאחריות מוטלת על נתניהו, "הנושא באחריות עליונה לסדר היום של דיוני הקבינט ולאיכות ההחלטות המתקבלות בו".
קל וחומר מהאוצר המל"ל אינו מבצע את עבודת המטה לקראת הדיונים על תקציב הביטחון, למרות שנתניהו ממש רוצה שיעשה זאת - לפחות לפי מה שאמר ללינדנשטראוס: "נכון לתת למל"ל לחפור בזה. אני חושב שיש שם כמה מיליארדים טובים שהיינו יכולים לחסוך ואנחנו לא חוסכים אותם". אז למה זה לא קורה? משרד ראש הממשלה השיב: אין משרד האוצר לא מסוגל לעקוב אחרי תקציב הביטחון - קל וחומר שהמל"ל לא יהיה מסוגל לעשות זאת. לינדנשטראוס משיב: אם כך, חובתו של נתניהו לדאוג שתהיה יכולת כזאת.
