מוחמד מורסי הושבע (יום שבת) לכהונת נשיא בפני בית הדין החוקתי של מצרים הנשלט על-ידי המועצה הצבאית, ומיד נכנס לתפקידו.
אחר-הצהריים, ובטקס צבאי מרשים, העבירה המועצה הצבאית לידי מורסי את כל הסמכויות שהיו בידי הנשיא לשעבר
חוסני מובארק. מורסי הודה לחברי המועצה על שהגנו על מצרים בידי ההפכה.
"אנחנו יוצאים למחר טוב יותר, למצרים חדשה, לרפובליקה שנייה. אמלא את תפקידי כדי לערוב לעצמאות של הרשות המחוקקת והרשות השופטת. אני מכבד את פסקי הדין של בית הדין החוקתי ואת פסקי הדין של השופטים. השבח לאללה שיש לנו כאלה מוסדות, והשבח לאללה שיש לנו אנשים מסורים כאלה במוסדות האלה", אמר בנאומו.
עוד התייחס מורסי גם אל הסוגיה הפלשתינית ואמר כי הוא נושא מסר של שלום לעולם. "כפי שהבטחנו תמיד, אנו מדגישים כי אנו מכבדים את התחייבויות המדינה המצרית כלפי העולם. אנחנו עומדים לצד העם הפלשתיני על-מנת שישיג את כל זכויותיו הלגיטימיות. נפעל להשלמת הפיוס הלאומי כדי שהעם הפלשתיני יעמוד בשורה אחת כדי להחזיר את אדמתו וריבונותו". הוא נמנע מלציין בנאומו את מדינת ישראל.
יום קודם התייצב מורסי בכיכר תחריר, נשבע בפני ההמונים לפעול למען מצרים, ונשא נאום שבו חזר על משנתו: בעד מצרים חופשית, בעד תקשורת פתוחה (בתקופת מובארק נאכפה צנזורה מחמירה על כלי התקשורת של האחים המוסלמים), ובעד קו תקיף מול כל גורם שיסכן את בטחונה של מצרים.
להשבעתו ביום שבת בפני בית הדין לחוקה קדם משבר פוליטי חריף. מורסי, שהתמודד בבחירות כמועמדם של האחים המוסלמים, דרש להישבע בפני הפרלמנט המצרי - שם השיגו האחים המוסלמים רוב ברור שבו זכו בבחירות האחרונות. אלא שהמועצה הצבאית, בראשה עומדים גם כיום בכירים המזוהים עם משטרו הקודם של הנשיא לשעבר חוסני מובארק, נקטה צעדי מנע בהכרזתה על פיזור הפרלמנט המצרי - ובכך הפכה עצמה לרשות המחוקקת.
בנסיבות אלה, בפני מורסי נותרה הברירה: להישבע אמונים בפני בית הדין החוקתי, הנשלט כאמור על-ידי המועצה הצבאית, או להישאר בחזקת נבחר על הנייר, מבלי שייכנס לתפקידו.
הנשיא מורסי יאלץ לקיים דיאלוג מתמיד עם המועצה הצבאית של מצרים, שכבר הכריזה על רצונה לשמור על הסכם השלום עם ישראל, ולהמשיך ולנהל יחסים טובים עם הממשל בארה"ב בראשו עומד הנשיא
ברק אובמה. במיוחד יאלץ מורסי לקבל את תכתיבי המועצה הצבאית בעניינים אסטרטגיים-ביטחוניים.