מס מעסיקים חל על עמותות ישראליות הפועלות ביהודה ושומרון. כך קובע (יום ד', 4.7.12) בית המשפט העליון, בדחותו את ערעורה של המכינה הקדם-צבאית נתיבות דרום שבדרום הר חברון על חיובה במס זה.
השופט
יצחק עמית קבע, כי בית המשפט העליון כבר הכריע בעניין כאשר דחה בשנת 1997 ערעור על החלטתו של נשיא בית המשפט המחוזי בירושלים דאז, ורדי זיילר, בקובעו: "נימוקיו של הנשיא המלומד בשאלת חבותם במס של תאגידים בשטחים המוחזקים, מקובלים עלינו ואנו דוחים את הערעור". לדברי עמית, העובדה שאותה החלטה לא נומקה, אינה גורעת מהיותה תקדים המחייב ערכאות נמוכות יותר - ומכאן שצדק בית המשפט המחוזי בדחותו את ערעורה של המכינה על חיובה במס המעסיקים.
עוד אומר עמית, כי לא מצא מקום לסטות מאותו תקדים: "אכן, באזור [יהודה ושומרון] ממשיך לחול הדין ששרר בו עובר לתפיסתו בידי ישראל, וכן הצווים שהוצאו בידי המפקד הצבאי. חקיקה ישראלית אינה חלה אפוא במישרין באיזור, אך לגבי התושבים הישראלים המתגוררים באיזור, חלה חקיקה ישראלית פנימית שהוחלה באופן פרסונאלי וחוץ-טריטוריאלי".
פקודת מס הכנסה קובעת במפורש שהיא חלה על ישראלים המתגוררים ביהודה ושומרון. מכוחה יש להחיל עליהם גם את מס המעסיקים, שכן "קיימת זיקה הדוקה בין חוק מס מעסיקים לבין פקודת מס הכנסה, ולא בכדי חוק מס מעסיקים הוא חוק קצר המונה שלושה סעיפים אופרטיביים בלבד, בהיותו חוק היונק את חיותו מהוראות פקודת מס הכנסה", מוסיף עמית. המכינה חויבה בתשלום הוצאות בסך 20,000 שקל.