משך הנסיעה מקריית גת לתל אביב מרכז הוא 42 דקות, במחיר של 25.50 שקלים. לשם השוואה, נסיעה באוטובוס נמשכת 63 דקות ועולה 14.70 שקלים. ברכבת ישראל יש לא פעם תקלות בלתי צפויות. כך למשל את נסיעת הרכבת בה נסע הבוקר שר התחבורה חסם רכב את המסילה, והנסיעה התארכה ל-75 דקות. אוטובוס של חברת מטרופולין שנסע כשעתיים לפני כן, בשיא העומס של יום ראשון הגיע ללב תל אביב - לתחנה המרכזית החדשה, ב-72 דקות בלבד. מנכ"ל חברת מטרופולין אילן קרני אמר ל-News1 כי יתרונם של האוטובוסים על פני הרכבות הוא שהם עושים שימוש בכביש 6 ובנתיב מהיר, ובכך מקצרים את משך הנסיעה במידה שאינה נופלת מזו של הרכבת. קרני: "ציבור הנוסעים צריך לעשות את החשבון האם הוא מעדיף סיכוי מסוים לקיצור הנסיעה ולשלם 30 שקלים לרכבת, או לחסוך 13 שקלים ולשלם 17 שקלים בלבד".

במקור, תוכנן לפתוח קו רכבת מהירה ולא רכבת אקספרס. לעצירה בקריית גת, שנעשתה בעצה אחת עם משרד התחבורה, אין הצדקה תחבורתית משום שהיא מאריכה את הנסיעה בחמש דקות נוספות. המשנה למנכ"ל רכבת ישראל, ירון רביד, אמר ל-News1 כי הוחלט כך רק כדי לקדם את תושבי קריית גת בכל הקשור לתעסוקה, ולאפשר להם שתי רכבות בשעה. למרות העצירה התכופה בקריית גת, העצירה בלוד היא רק פעם בשעה. זאת למרות שלוד מהווה צומת מרכזי עוד מהימים שטרם הקמת המדינה, שגדול יותר מאשר התחנה בבנימינה. בשל העובדה שהרכבת אקספרס לא תעצור בה, יידרשו כל הנוסעים המבקשים לנסוע ברכבת לירושלים, לבאר יעקב, לבית שמש, לרמלה, לראשון לציון, לרחובות, לאשדוד, לאשקלון, לכפר חב"ד וליבנה להגיע עד תל אביב, ולשוב על עקבותיהם ללוד ברכבת אחרת. רביד מסביר כי עצירה גם בלוד נוגדת את הרעיון לקצר את משך הנסיעה מבאר-שבע לתל אביב. בחודשים הקרובים, ככל הנראה לקראת חודש נובמבר, עם שילובן של רכבות חדשות במצבת הציוד הנייד ברכבת וסיום הכשרתם של נהגים חדשים, יורחב השירות הניתן בקו זה:

• רכבת האקספרס תופעל גם בשעות השפל, לאורך כל שעות היום (שתי רכבות לכל כיוון, בכל שעה).

• תופעל רכבת לילה מבאר-שבע דרך נתב"ג לת"א (ומשם עד נהריה) עם עצירות בתחנות הביניים בקריית גת ובלוד.

בעז צפריר, מנכ"ל רכבת ישראל, אמר כי מדובר בבשורה עצומה לתושבי הדרום שתחזק את יישובי הדרום ותקרב את הפריפריה למרכז". ביוני 2013 מתוכננת פתיחת קו החוף הדרומי מיבנה מערב לכיוון אשדוד ואשקלון. בתחילת 2014 צפויה פתיחת קו פריפריאלי מאופקים, נתיבות, ושדרות לבאר-שבע.

רכבת ישראל העלתה לרשת האינטרנט סרטון המשווה לכאורה בין נסיעה ברכב הפרטי לרכבת בקו מבאר-שבע. אולם בעוד שבעיכובים לרכב הפרטי יש שוטר תנועה שרושם דוח לנהגת, ברכבת כאילו אין עיכובים של הגבלת מהירות, קרונות מתנועעים, התחממות יתר של המסילה, תאונות וכן תקלות שונות הנובעות לרוב מרמת התחזוקה הנוהגת כיום ברכבת.