בית המשפט עשוי להתערב באכיפת הסכמים פוליטיים, אם יש להם היבטים נוספים מעבר להיבט הפוליטי. כך קבעו (יום ג', 17.7.12) המשנה לנשיא בית המשפט העליון,
מרים נאור, והשופט
נעם סולברג. לעומתם סבור השופט
יורם דנציגר, כי יש להשאיר סוגייה זו בצריך עיון.
בית המשפט העליון דחה את ערעורו של השר לשעבר, שמעון שטרית, על החלטות בית המשפט המחוזי מרכז בעניין הבחירות לראשות הקרן הקיימת, ונדרש בין היתר לשאלה האם בית המשפט יכול היה לאכוף את ההסכם לפיו נציג מפלגת העבודה ייבחר לתפקיד. שטרית טען שהתשובה שלילית, משום שמדובר בהסכם פוליטי. בעתירתו ביקש שטרית להביא לבטלות בחירתו של
אפי שטנצלר ליו"ר קק"ל.
לדברי נאור, אכן הגישה העקרונית היא שבית המשפט אינו מתערב באכיפת הסכמים פוליטיים. אולם, קבעה, יש להבחין בין סוגים שונים של הסכם כזה. הסכם לביצוע רוטציה בין חברי כנסת נטוע כל כולו בתחום הפוליטי, והתערבות של בית המשפט בו עלולה לעמוד בניגוד להוראות חוק יסוד הכנסת. לעומת זאת, "בענייננו המרכיב הדומיננטי של ההתחייבויות שנטלו על עצמם הצדדים להסכם הכולל מעוגנות, או לפחות מעוגנות בעיקרן, במשפט הפרטי. על כן, שיקולי בית המשפט בעניין אכיפת ההסכם צריכים להיות שונים משיקוליו ביחס להסכמים פוליטיים הנוגעים לעניינים שלטוניים".
מתי מופעלת סמכות שלטונית נאור מוסיפה: "אין די באמירה שלפנינו 'הסכם פוליטי' כדי שהוראות ההסכם הכולל יהיו חסינות מאכיפה באמצעות בית המשפט, משל מכניס אדם מטבע למקרר שמאוחסנים בו משקאות קלים, ומקבל באופן אוטומטי את המשקה עבורו שילם. המעיין בהסכם ובמכלול הוראותיו יתרשם כי הצדדים ביקשו לקחת על עצמם מחויבות, וליצור ביניהם יחסים משפטיים. ההסכם בו עסקינן הוא הסכם משפטי... מצב בו הצדדים להסכם הכולל פעלו על פיו וחילקו בפועל את מרבית המשרות - ובדיעבד חלק מן הצדדים מתנערים מחלוקת המשרות בהסכם הכולל לגבי מוסד אחד, קק"ל - הוא מצב הקורא להתערבות שיפוטית, כשצד נפגע מבקש זאת".
לדעת סולברג, "על-פי רוב, עניינו של הסכם פוליטי הוא בהפעלת סמכות שלטונית. אכן, בדרך כלל לא יהלום סעד האכיפה את מהותו של ההסכם הפוליטי". לכן, בית המשפט לא יתערב למשל בהסכמים בהם מתחייבות מפלגות לקדם חקיקה מסוימת בו בנוגע לרוטציה בתפקידים. לעומת זאת, כאשר מדובר בהסכמים לגבי גופים בהם מתקיימות בחירות - כגון הקרן הקיימת - "המאפיין השלטוני אינו עיקר, ושוב אין הצדקה להחלתם של דיני המשפט הציבורי בלבד. הסכמים מעין אלו אינם עוסקים במישרין בהפעלת סמכויות שלטוניות, על כל פנים אין זה עיסוקם המרכזי. ממילא מן הראוי להחיל עליהם דינים מן המשפט הפרטי ומן המשפט הציבורי גם יחד".
דנציגר, אשר הצטרף לדחיית ערעורו של שטרית, סבר שבהסכם לגבי הקרן הקיימת יש גוון פוליטי חזק, ואין הוא רואה הבדל כה מהותי בינו לבין הסכמים פוליטיים מובהקים. הוא גם סבור, שאין צורך להכריע - כפי שעשה סולברג - בשאלה האם בית המשפט יוכל לאכוף הסכמים לגבי גופים בהם מתקיימות בחירות. שטרית חויב בתשלום הוצאות בסך 60,000 שקל.