ועד ראשי האוניברסיטאות פנה למפקד כוחות צה"ל ביהודה ובשומרון, אלוף ניצן אלון, המשמש גם בתפקיד מפקד פיקוד המרכז, בדרישה שלא לאשר את ההחלטה להכיר במרכז האוניברסיטאי באריאל כאוניברסיטה. במכתב ששלח הוועד, בראשות פרופ'
רבקה כרמי, לפני כשבוע, נאמר כי החלטת מל"ג יו"ש פגומה מן היסוד - התקבלה בחוסר סמכות, מבלי שקדם לה הליך בדיקה ראוי ויסודי בדבר הצרכים המדעיים של מדינת ישראל והקריטריונים להכרה מבוקשת, מתוך שיקולים בלתי ענייניים ותוך התעלמות משיקולים רלוונטיים, ובניגוד לעמדתה המקצועית המחייבת של הוועדה לתקצוב ולתכנון (ות"ת) בדבר הצרכים התכנונים והתקציביים הרחבים של מערכת ההשכלה והמחקר בישראל.
ור"ה מפצירה באלוף לנהוג על-פי דין, כלשונה, להפעיל את שיקול דעתו וכן "לא להוות 'חותמת גומי' ולא לאשר את החלטת מל"ג יו"ש". בכך לדעתה, יתקן את המעוות ויציל את המחקר בישראל.
הוועד גם כותב כי התריע בפני ראש הממשלה
בנימין נתניהו וביקש להיפגש עימו כדי להזהיר מפני "המהלך ההרסני", אך נענה במכתב בן שלוש שורות שכתב אחד מפקידיו הזוטרים.
למרות שנוסח החלטת מל"ג יו"ש לא עמד בפני הוועד, הוא מציין כאמור כי ההחלטה לקתה בחוסר סמכות מכמה סיבות: (1) היא מתעלמת משאלת נחיצותה של אוניברסיטת מחקר נוספת, שאלה עליה השיב דוח גרוסמן בשלילה; (2) בהעדר ות"ת יו"ש, סותרת עמדתה של מל"ג יו"ש את עמדת הות"ת שאין מקום לתקצב עוד אוניברסיטה; (3) גם לו הסכימו הרשויות על הקמת אוניברסיטת מחקר נוספת, ההחלטה איזו מכללה (או כמה מכללות - כפי שהוצע בזמנו להקים אוניברסיטה רב-קמפוסית בגליל) להסב לאוניברסיטה, נתונה בחוק למל"ג ישראל. ור"ה מוחה על קיצור הדרך שניתן למכללת אריאל בדרך להכרה כאוניברסיטה.
מאחר שלהחלטה בהיבט התכנוני יש השלכות תקציביות, נטען עוד, סטייה מעמדת ות"ת וקבלת החלטה המנוגדת לעמדתה - חסרת כל תוקף.
פגמים חמורים בשיקול הדעת ור"ה טוענת גם לפגמים חמורים ומהותיים בשיקול הדעת. לדעתה, הבטחת שר האוצר לתוספת תקציבית חלקית למשך שנתיים לא הייתה ממין העניין. לדבריה, לא ניתן משקל ראוי, אם בכלל, לעמדת ות"ת ולהנמקותיה ולא נערך דיון עומק בנושא צורכי המחקר הישראלי וההשכלה הגבוהה, משום שההחלטה התקבלה בתוך יומיים מיום קבלת דוח ות"ת, תוך הסתמכות על המלצותיה הפגומות של ועדת אלטשולר.
מל"ג יו"ש מואשמת גם במחטף - אי־שיתוף הרשויות המוסמכות והתעלמות מבדיקת הות"ת בנושא שינוי בריבוד של מערכת ההשכלה הגבוהה.
גם בהחלטת התקצוב של שר האוצר מוצאים המלינים פגמים ואומרים כי גם אם היא תקינה, הרי שהסכום פעוט ביחס לתקצוב אותו נדרשת אוניברסיטה לקבל - 201-130 מיליון שקל בשנה, ותקצובה של אוניברסיטת אריאל יפגע בעוגה התקציבית וממילא ביכולת הפיתוח האקדמי של כלל האוניברסיטות.
ניגוד עניינים פרק נוסף נגע בחוסר הניתוק שבין הגוף הממליץ (ועדת אלטשולר) לגוף המחליט (בראשות פרופ' אלטשולר). ור"ה מאשימה את הוועדה שהחליטה לאשר את ההכרה ב
ניגוד עניינים, שנעשה במשוא פנים ברור, ובאופן המנוגד לאמות מידה מקצועיות ואקדמיות אובייקטיביות המחייבות שיתוף חוקרים מחו"ל הנעדרים זיקה למוסדות בישראל. הרכב מל"ג יו"ש לא עמד בדרישות והחלטתו לא הסתמכה על תשתית עובדתית סבירה.
הוועד מוסיף כי גם ניסוח הקריטריונים שאמורים לזכות מוסד בהכרה אוניברסיטאית היה פגום, וחרג מהותית מהמקובל. הוא התעלם מאיכות הפרסומים השפיטים, לא קבע מדדים בנושא הסגל האקדמי ועוד. בעיקר הוצגו עניינים כמותיים-טכניים ולא איכותיים.
חריגה מתפקיד המפקד הצבאי בור"ה מזהירים את אלוף הפיקוד כי ככל שיאשר את ההחלטה שקיבל המל"ג, יתן את ידו להצבת משוכה נוספת בפני שיקום מערכת ההשכלה והמחקר. אישור ההחלטה מהווה לדידי החברים בוועד סכנה ברורה ומיידית.
עוד הם טוענים כי אישור החלטה שבמהותה פגמים מהווה חריגה חמורה מתפקידו של המפקד הצבאי באשר היא בעלת השלכה משמעותית על מדינת ישראל, והשלכה זעומה על אזור עליו הוא מופקד.
