מוקדם יותר קיימו המוני בית ישראל את מנהג הכפרות על התרנגולות, אולם רובם עשו פדיון-נפש במטבעות שנתרמו לצדקה.
המקוואות התמלאו בגברים שבאו לטבול ערב יום הכיפורים כדי להיטהר מטומאה וגם משום תשובה. בחלק מקהילות ישראל אף התקיים מנהג המלקות בו אנשים היכו את חבריהם קלות בשוט ככפרה על עוונות.
לפני תחילת הצום - סעודה מפסקת.
הרבנים פסקו באשר לאדם חולני, כי מוטב לצום ביום הכיפורים ולשכב במיטה מללכת לבית כנסת, אם כדי להחזיק מעמד יש צורך באכילה ושתייה, כי הצום הוא מצווה מן התורה וחמור יותר מהתפילה.
לקראת החג מדליקים רבים נרות נשמה, ויש אף שהדליקו נרות ליום הכיפורים.
אמש התקיימו סליחות המוניות במעמד הרבנים הראשיים לישראל, הרב
עובדיה יוסף ורב הכותל המערבי, ששודרו בשידור לווייני לרחבי תבל. כ-2,500 איש השתתפו ב"תשובה מאהבה", כינוס ההתעוררות השנתי של מכון מאיר, שהתקיים אמש בבנייני האומה. רב המכון דב ביגון אמר כי לתשובת הרבים יש חשיבות ציבורית וכי היא משפיעה על כלל הציבור. ראש ישיבת עטרת ירושלים, הרב שלמה אבינר אמר: "תשובה זו שלווה, שמחה, עונג, נועם זיו קודש. מרוב שאנחנו מדברים על שמחה ואהבה שוכחים שצריך יראת השם. צריך משמעת ותמימות, ומה שאומרים לעשות צריך לעשות. חז"ל אומרים עשֵה באהבה ועשה מיראה – מי שאוהב לא שונא ומי שירא יכול להיות שהוא שונא, אבל אין ירא בועט – פקודה הוא עושה. אבל אוהב אולי בועט, 'לא בא לי' לא מעניין. כיום אנחנו בדור שונה, ואם אם אי-אפשר לתפוס את הדור ביראת השם אז באהבת השם - לפעמים צריך לשנות את הסדר".
הראשון לציון הרב
שלמה עמאר אמר: "אנחנו מתרחקים והולכים יותר מדי ומאבדים את הרוחניות. לא צריך להרבות בדברים ולא לאמץ כוונות גדולות מדי אלא צריך לחשוב טוב מה הוא הדבר שאנחנו יכולים לעשות, וזו תהיה קבלת עול מלכות שמיים. נעמוד לפני השם ביום הכיפורים ונאמר לו - אנחנו יודעים שאין לנו על מי להסתמך אלא רק עליך".
עם תחילת הצום מתחילים המונים לזרום ולגדוש את בתי הכנסת לאמירת "כל נדרי" ותפילת ערבית של יום הכיפורים. בחלק מן המקומות אף מתקיימות תפילות במתנ"סים ובמקומות ציבוריים.
מניין ייחודי לכיפור יתקיים מעל הכותל במתחם המשמש את משטרת ישראל כתצפית על הר הבית. המניין נוסד על-ידי הרב שלמה גורן וכ-120 מתפללים קבועים מצטופפים בו ומתפללים בנוסח שהיה מקובל בהר הבית, על-פי פסיקת הרב גורן. אין עונים 'אמן' ו'ברוך הוא וברוך שמו' בברכות. במקום 'ברוך אתה ה' המלך הקדוש' אומרים 'ברוך אתה אלוהי ישראל מן העולם ועד העולם, ברוך אתה ה' המלך הקדוש', והקהל עונה 'ברוך שם כבוד מלכותו לעולם ועד' במקום ה'אמן'. ההשתחוויות פרקדן נעשות ללא חציצת מחצלת בדיוק כפי שהיה מקובל בבית המקדש.
ברחבת מערת המכפלה בחברון הוקם מאהל ענק בו יתארחו מאות מבקרים במהלך יום כיפור. לרגל האירוע, מערת המכפלה כולה, כולל "אולם יצחק", תהיה פתוחה לקהל היהודי. המאהל כולל: אוהלים, מיטות שטח, כסאות וכן שולחנות לסעודה המפסקת. ביום ראשון השתתפו כ-20 אלף מתפללים בעצרת הסליחות המרכזית במערת המכפלה.
לנמל עין גב, בחלקה המזרחי של הכנרת, הגיעו ביום שני לקראת השקיעה, כחמש מאות בנות מתנועת "בנות יעקב", שערכו תפילת מנחה מיוחדת לקראת יום הכיפורים.
