אוניברסיטת בר-אילן מכחישה את ממצאיו הקשים של
מבקר המדינה על המתרחש בה בתחומי השכר והמינהל, וכפועל יוצא מכך - אינה מתחייבת לתקן את הליקויים. נשיא האוניברסיטה
פרופ' משה קוה נמנע מלהתייחס בעצמו לגילויים החמורים של המבקר על התנהלותו, המעלים על-פי הדוח חשש לפלילים. זו התמונה המצטיירת מתגובת האוניברסיטה לדוח.
"האוניברסיטה מוחה על הפער העצום בין האמירות הקשות וחסרות הבסיס המובאות בפרק מסקנות הדוח, לבין הממצאים המפורטים בגוף הדוח. ביטויים אלה מבוססים על פרשנות שאין לה אחיזה בעובדות המפורטות בדוח", היא טוענת בהתקפה חריפה על המבקר
יוסף שפירא. לדבריה, "מטבע הדברים, במהלך קבלת אלפי החלטות הנגזרות מתנופת הפיתוח, נפלו תקלות שעליהן מצביע המבקר. האוניברסיטה מביעה סיפוק רב מכך שהמבקר קיבל את תשובותיה ביחס לנושאים רבים ומשמעותיים ומצרה על כך שעדיין יש התייחסות בדוח לנושאים שכבר תוקנו".
לטענת האוניברסיטה, שכרם של העובדים הבכירים האקדמיים מותאם לשכרם של בכירים בכל האוניברסיטאות. קוה, מתוקף תפקידו כעומד בראש המערכת, מעורב בגיוס עובדים בכירים וממליץ לוועדה לשכר בכירים על שכרם. המשכורות מאושרות כדין על-ידי הוועדה. יצויין, כי האוניברסיטה מתעלמת מכך שהמבקר מצביע על כך שהוועדה הפכה להיות חותמת גומי לאישור החלטות בלתי תקינות של קוה.
בנוגע למנכ"ל חיים גליק, אשר התפטר למחרת מסירת הדוח הסופי לידי האוניברסיטה, היא שבה וטוענת - בניגוד מוחלט לממצאי הדוח - שתנאי שכרו קיבלו את אישורו של הממונה על השכר באוצר. לטענתה, שוב בניגוד לדוח, גליק מעולם לא ביקש ולכן גם לא קיבל כספים מהקרן לקשרי מדע, וממילא גם לא היה מה להסתיר בנושא זה. האוניברסיטה גם מכחישה את קביעתו של שפירא, לפיה גליק קיבל כפל אחזקת רכב - ממנה ומשירות בתי הסוהר, בו שירת קודם לכן.
עוד נטען, כי מעורבות לשכת הנשיא בהליכי בחירתו מחדש של קוה הייתה טכנית בלבד, בשל פרישתה של עובדת שטיפלה בנושא באותם ימים. "מבקר המדינה אישר כי מינוי חברי ועדת החיפוש נעשה כדין ולא נפל בו פגם. עם זאת, ההערה נלקחה בחשבון ובעתיד הנושא יטופל גם ברמה הטכנית ע"י גורם באוניברסיטה שאינו חלק מלשכת הנשיא". עוד היא אומרת, כי קוה לא היה מעורב בהליכי המכרז בו זכתה חברה שבבעלות קרובי משפחתו בהפעלת מסעדה. האוניברסיטה טוענת, כי החברה אינה נשלטת בידי קרוביו של קוה - ומתעלמת מקביעתו של שפירא בדבר שימוש בחברת קש כדי להסתיר קירבה זו.
לגבי תופעה הנפוטיזם אומרת האוניברסיטה, כי גליק פעל ללא לאות לצמצם את תופעת ההעסקה של קרובי משפחה. בחמש שנות כהונתו התקבלו לעבודה 434 עובדים חדשים, רק 4 מהם היו בני משפחה של עובדי אוניברסיטה והם אושרו על-ידי ועדת חריגים.
