מבקר המדינה,
יוסף שפירא, יפרסם ביום ראשון הקרוב (6.1.13) את הדוח בפרשת הרפז, ובו קרוב ל-300 עמודים. בדוח ארבעה פרקים מרכזיים: מסמך הרפז ואיסוף המידע, היבטים במערכת היחסים בין
אהוד ברק ו
גבי אשכנזי ולשכותיהם, תהליך בחירת הרמטכ"ל ומינויו, וביטחון מידע. חלקים מהדוח נותרו חסויים על-פי החלטת ועדת הכנסת לביקורת המדינה.
את החקירה החל המבקר הקודם,
מיכה לינדנשטראוס, לאחר שחקירת המשטרה בנושא זיוף מסמך הרפז הותירה סימני שאלה עובדתיים, נורמטיביים ואתיים. הרמטכ"ל הנוכחי,
בני גנץ, הגדיר את המצב כ"פגר מסריח" אשר נשאר בחדר ללא טיפול יסודי. בהתאם לכך ולאור הפניות למשרד מבקר המדינה לבדוק את הפרשה, החליט לינדנשטראוס לבצע ביקורת מערכתית בעניין זה.
הביקורת מתבססת, בין השאר, על עיון באלפי עמודים של מסמכים, על האזנה לעשרות שעות של הקלטות ועל יותר משלוש מאות פגישות עם אישים שונים ובהם בכירי מערכת הביטחון, אנשי ציבור, אנשי תקשורת ועוד. היא לוותה בעתירות לבג"ץ שעיכבו את השלמת הדוח, ובמחלוקת בין לינדנשטראוס לבין היועץ המשפטי לממשלה,
יהודה וינשטיין, על-רקע הימנעותו של האחרון מלהורות על חקירת משטרה בהיבטים הפליליים שהתגלו במהלך הביקורת.
לינדנשטראוס לא הספיק להשלים את הדוח, גם לא בשלושת החודשים הנוספים שהקציבה לו הכנסת, אך שפירא החליט שלמען טובת העניין, אין זה ראוי לפתוח מחדש את הפרשה שמעסיקה את כל המעורבים בה ואת הציבור בכללותו למעלה משנתיים ויש לפרסמו עתה.
אשר לעיתוי הפרסום, קרוב למועד הבחירות, הבהיר משרד המבקר שגם פורסמו דוחות סמוך לבחירות. בנושא זה אמר המבקר לשעבר,
אליעזר גולדברג: "על מבקר המדינה להמשיך ולמלא את תפקידו כעין הציבורית אשר פקוחה בכל עת ואינה נעצמת בשל אירועים פוליטיים כלשהם".
משרד מבקר המדינה גם "מוצא לנכון לציין את האווירה הציבורית הטעונה, שבה נבדקה פרשת מסמך הרפז, כאשר מעורבים בעלי עניין יצרו או ניסו ליצור סדר יום ציבורי המושפע לא פעם מהטיות מכוונות, והכל מתוך ניסיון או תקווה להשפיע על תוצאות הבדיקה. ביקורת המדינה היא נטולת פניות. יושרתה הזוכה לאמון הציבור משמשת אבן יסוד לפעולתה".
