ממשרד הביטחון נמסר בתגובה לפרסום דוח הרפז כי פרסום הדוח אינו נקודת סיום אלא נקודת התחלה לבירור משפטי של הפרשה על-מנת להגיע לחקר האמת ולביעור הנגעים שנחשפו בו.
"הדוח מבהיר עד כמה מדובר בעניין חמור, פרשה מהקשות שידענו. מה שנדרש כעת זו חקירה פלילית וועדת חקירה ממלכתית. מהדוח עולה תמונת התנהגות, עבריינית לכאורה, של לשכת הרמטכ"ל.
ארז וינר,
בועז הרפז ואחרים היו, על-פי עדותם, "חיילים" של הרמטכ"ל לשעבר
גבי אשכנזי בכל התגלגלות הפרשה. הרמטכ"ל לשעבר, אשכנזי, הוא שעמד לדבריהם "בראש הפירמידה" של כל המתואר בדוח לגבי לשכת הרמטכ"ל", לשון תגובת משרד הביטחון.
עוד ציינו בלשכתו של שר הביטחון,
אהוד ברק, כי בדוח מתוארים מעשים שמהותם קשירת קשר לפגיעה בסדרי שלטון, חתירה כנגד דרג ממונה, שיבוש תהליך חוקי של מינוי רמטכ"ל, זיוף ושימוש במסמך מזויף, שיבוש חקירה, הפרת אמונים והתנהגות שאינה הולמת קצינים. הפעילות כללה איסוף חומר מכפיש על שר הביטחון, רעייתו, על בכירים בלשכת שר הביטחון, על האלוף
יואב גלנט וקצינים בכירים נוספים בצה"ל באופן שיטתי. "זוהי במובהק התנהגות עבריינית לכאורה בלשכת הרמטכ"ל", ציינו.
עודש הוסיפו כי גבי אשכנזי פגע בערכי צה"ל וברוח צה"ל. התנהגותו של הרמטכ"ל לשעבר, כעולה מהדוח, מהווה כתם מוסרי וקלון ערכי שיש להוקיע ולעקור משורש.
"אין אף אדם שמכיר את צה"ל או שרת בו בתפקיד בכיר, שיאמין שוינר והרפז פעלו שלא בהוראת, הנחיית וידיעת הרמטכ"ל לשעבר, אשכנזי.
מבקר המדינה והפצ"ר, דרשו מהיועץ המשפטי לממשלה לפתוח בחקירה פלילית. יש לעשות זאת מיד. יו"ר ועדת ביקורת המדינה, ח"כ
אורי אריאל העלה דרישה לכונן ועדת חקירה ממלכתית, יש לאפשר הקמתה", אמרו.
ביחס לביקורת שהוטחה בשר הביטחון, אהוד ברק, ציינו אנשיו כי הדברים שהועלו בדוח הם בתחומי "נימוסים והליכות". "כל המעשים שנטענים (למעט אמירתו בקשר לבניהו) התרחשו לאחר שמסמך הרפז כבר נמצא בלשכת הרמטכ"ל ורובם (למעט עיכוב מינויים) אירעו לאחר פרסום המסמך, קרי בתקופה שבה אכן נפגע אמון השר בלשכת הרמטכ"ל. בכל מקרה, כמצוין בדוח, שום סוג של אירועים הקשורים במתח בעבודה בין לשכות אינם באים במקום כפיפותו של הרמטכ"ל לדרג המדיני ואינם יכולים להצדיק התנהגות עבריינית לכאורה, מכיוון לשכת הרמטכ"ל, כמתואר בדוח", אמרו.
