המשרד להגנת הסביבה ומועצת רמת חובב ביצעו שורה של מחדלים בחקירת חשדות להזרמת שופכין לערוץ נחל חובב. כך קובעת (יום ד', 30.1.13) סגנית נשיאת בית משפט השלום בבאר שבע, דורית בית-אור, בזכותה מפעל ושלושה ממנהליו שהואשמו בעבירות זיהום.
המשרד להגנת הסביבה טען, כי חברת קופולק - העוסקת בתרופות ומזון לבעלי חיים ואשר בבעלותה מפעל באזור התעשיה רמת חובב - הזרימה לנחל חובב שפכים תעשייתיים בנובמבר 2005 ובכך גרמה לזיהומו. החברה ומנהליה טענו, כי מדובר היה במי גשמים שזרמו אל הנחל, לאחר שנאגרו על ידה כחוק ועל-פי תנאי רשיונה.
בית-אור מצאה, כי בדיקת דגימות המים ביום האירוע נעשתה בצורה רשלנית ולקויה. הבודקים מטעם מועצת רמת חובב והמשרד להגנת הסביבה לא דגמו את הנוזלים שנשארו במקור הגלישה, אלא נוזלים ספוגים בבוצה שנקוו בערוץ הנחל. נטילת הדגימות נעשתה בניגוד לתקן הישראלי והתקן הבינלאומי, והבדיקה עצמה נעשתה רק כעבור מספר שעות - פרק זמן שעשוי היה להשפיע על תוצאותיה. עוד נמצא, כי הבודקים לא הותירו דגימות שיוכלו לשמש את הנאשמים לביצוע בדיקות משלהם.
כמו-כן דחתה בית-אור את טענות המדינה בדבר כשלים מובנים של המפעל בהקמת מערכות הטיפול בשפכים ובנגרים ובדבר הפרה של התנאים ברשיון העסק של המפעל. היא ציינה, כי מועצת רמת חובב עצמה העבירה בשנים 2004 ו-2005 אישורים למפעל לפיהם מערכות הטיפול בשפכים ובנגרים הוקמו ופועלים כהלכה.
את המדינה ייצג עו"ד זיו אברמוביץ, ואת קופולק ומנהליה - עוה"ד דורון שטרן ואסף בנמלך ממשרד טולצ'ינסקי-שטרן.