הוועד הפועל של אוניברסיטת אריאל הכריז (יום א', 17.2.13) על בחירתו האלוף במילואים הרצל בודינגר ליו"ר הוועד של האוניברסיטה. הוועד הפועל משמש כגוף הבכיר והמפקח של האוניברסיטה, כפי שדירקטוריון מפקח על הנהלת חברה עסקית.
אין מדובר בתפקיד ראשון של בודינגר במסגרת המוסד. עד למינוי הוא היה חלק מחבר הנאמנים, גוף האחראי על ועדות הפיקוח השונות של המוסד ועובד בתיאום עם הוועד הפועל. ההחלטה תוגש במאי לאישור האסיפה הכללית.
בודינגר יחליף בתפקידו את השגריר לשעבר
אלי כהן, אשר שימש כשגריר ישראל ביפן וכחבר הכנסת ה-15.
מעבר להיותו מפקד חיל האוויר (לרבות במבצעי "דין וחשבון" ו"ענבי זעם") ולתפקידו כנשיא ויו"ר חברת ראדא, הרקורד של הרצל בודינגר כולל לא מעט מעורבות בתחומי השפעה על החברה הישראלית. כך למשל משמש בודינגר כיו"ר העמותה לקידום הגנת ישראל מפני טילי קרקע קרקע; חבר הוועדה המייעצת בתחומי ביטחון ישראל; יו"ר הוועד המנהל של מכון פישר לחקר תעופה וחלל ונשיא עמותת חיל האוויר.
הרצל בודניגר: "אני מכיר את האוניברסיטה לא מאתמול, עוד מהיותה מכללה. הייתי שותף בשנים האחרונות בחבר הנאמנים של המוסד ואני שמח לקבל את המושכות מידידי אלי כהן. אנשי האוניברסיטה עושים מלאכה מצויינת, בהבאת המוסד לחזית עולם המחקר והאקדמיה בישראל, ואנחנו נמשיך לפעול ללא לאות בפיתוח תחומי לימוד חדשים במוסד והקמת מעבדות מחקר מתקדמות".