פרקליטות המדינה הודיעה לבית משפט השלום בירושלים, כי היא חוזרת בה מהאישום נגד
הרב מוטי אלון במעשה מגונה בקטין תוך ניצול יחסי חינוך. כך נותר נגדו אישום אחד בלבד - מעשה מגונה בכוח בתלמיד אחר.
משרד המשפטים מסר (יום ג', 26.2.13): "לקראת סיום פרשת התביעה ולאחר תקופה ממושכת של ניסיונות להביא לעדות בבית המשפט את המתלונן שאליו התייחס האישום השני, התברר לפרקליטות כי המתלונן נחוש בדעתו שלא להעיד. בנסיבות העניין, הוחלט שלא לכפות עליו התייצבות וכתוצאה מכך, נאלצה הפרקליטות להודיע על חזרתה מן האישום השני. בהתאם לכך, בוטל אישום זה על-ידי בית המשפט".
הרב אלון מכחיש את ההאשמות נגדו. לפני תחילת המשפט, המתנהל בדלתיים סגורות, אמר: "בכל שנותי מעולם לא עשיתי שום מעשה, ולו במלל, בכוונה מינית כלשהי כלפי תלמידי או הפונים אלי. כל ניסיון לטעון כאילו הודיתי אי פעם במעשה שכזה, הוא שקר גס ומתועב".
