לא כל המועצות הדתיות מקפידות ליישם את הוראות הנוהל לרישום נישואין, ומתקבל הרושם שחלק מההוראות הן בבחינת "אות מתה" לגביהן. במצב זה קיים חשש שתהיה פגיעה בתקינות ההליך, בתוקף הנישואין ובעיקרון השוויון בין הנרשמים לנישואין במועצות הדתיות השונות. כך אומר (יום ד', 8.5.13)
מבקר המדינה,
יוסף שפירא.
לדעת משרד מבקר המדינה, על הרבנות הראשית ועל משרד הדתות להחיש את הטיפול בהנחיות החדשות שגיבשה ועדת הנישואין של הרבנות הראשית, המובילות לרפורמה בהליך הרישום לנישואין. זאת, כדי לספק את הצורך בפישוטו ובייעולו של ההליך, בלי לפגוע בכשרות הנישואין. כמו-כן, יש לקבוע הנחיות להבטחת התנהלות סדירה בנושאי הדרכת כלות ובחירת רבנים רושמי נישואין, ולבחון את האפשרויות השונות להסדרת הטיפול בטקסי הנישואין הפרטיים שרבנים עורכים.
כן יש להקפיד שמתן האישורים לעריכת חופה וקירושין - הן קבועים והן חד-פעמיים - נעשה על-פי הקריטריונים שנקבעו לכך, ושההנחיות של הרבנות הראשית בנושא נאכפות. מן הראוי שמשרד הדתות לא יאפשר פעילות של לשכות פרטיות לרישום נישואין, בלא שיעגן באופן חוקי את מכלול ההסדרים המינהליים והמשפטיים עימן. הכוונה בעיקר לגורמים חרדיים הפועלים מחוץ למסגרת הרבנות הראשית.
על המשרד לערוך בדק-בית יסודי בכל הנוגע לגביית תשלום האגרות תמורת הרישום לנישואין. כמו-כן, עליו לנקוט פעולות שיבטיחו, כי כלל המועצות הדתיות יספקו את מלוא שירותי רישום הנישואין לבני הקהילה האתיופית, ולקדם ללא דיחוי נוסף את ריכוז המידע לגבי ייחוסם של בני הקהילה.
על מנהל בתי הדין הרבניים לנקוט פעולות להבטחת אמינותה של רשימת מעוכבי הנישואין, ולדאוג לכך שבהתאם להנחיית היועץ המשפטי לממשלה, לא יתווספו לה שמות של אנשים בלי ליידע אותם על הכוונה לעשות כן. על היועץ המשפטי לממשלה לתת דעתו על כך שהנחיותיו בנוגע לניהול רשימת מעוכבי הנישואין אינן נשמרות במלואן. לבסוף ממליץ המבקר להסדיר בצורה ממוחשבת את כל המערכות המעורבות בהליך הרישום לנישואין.
