מאז נחקק חוק הנצחת זכרם של נשיאי ישראל וראשי ממשלותיה ב-1986, לא הותקנו מכוחו תקנות לביצועו, והמועצה להנצחה לא מילאה את תפקידיה המרכזיים שנקבעו בחוק: היא לא הציגה לממשלה תוכנית הנצחה למי מראשי המדינה, וממילא לא פיקחה על ביצוע תוכניות ולא דיווחה לממשלה על ממצאיה. כך קובע דוח
מבקר המדינה.
בעקבות חוק ההנצחה אישרה הממשלה ב-1988 עקרונות להנצחת זכרם של ראשי המדינה כפי שהמליצה המועצה להנצחה. מיום שאושרו עקרונות אלה חלו תמורות יסודיות בתרבות, בטכנולוגיה ובחינוך, אך המועצה להנצחה - שאמורה להוביל את התחום - לא המליצה לממשלה להתאים את עקרונות ההנצחה לשינויי הזמן.
עד ינואר 2013 לא חתמו מרכז רבין והעמותה למען הקמת מרכז
יצחק רבין לחקר ישראל (עמותת רבין) על הסכם שיסדיר את היחסים ביניהם. אף שבחוק רבין נקבע, כי המדינה תעמיד לרשות מרכז רבין (התאגיד) את המקרקעין הדרושים לפעילותו, ביוני 2000 חתם מינהל מקרקעי ישראל על הסכם הרשאה לתכנון המבנה למרכז רבין עם עמותת רבין ולא עם התאגיד, וביוני 2003 אף החליטה מועצת המינהל להחכיר את הקרקע לעמותה.
בחוק רבין נקבע, כי הקמת מרכז רבין תמומן מכספי תרומות. אולם בינואר 2005 הקדים אגף התקציבים את העברתם של כ-9 מיליון שקל מכספי המדינה למרכז, בעבור הקמתו של מבנה מרכז רבין באמצעות העמותה.
בית לוי אשכול מחכה עד ינואר 2013 לא הוסדרו בהסכם קשרי הגומלין בין מרכז בגין ובין עמותת קרן מורשת מנחם בגין (עמותת בגין). בחוק בגין, נקבע כי המדינה תעמיד לרשות מרכז בגין (התאגיד) את המקרקעין הדרושים לפעילותו. בבדיקה נמצא כי למרות הוראת החוק, ואף שהמדינה שילמה לעמותה כ-2.5 מיליון שקל בגין עלות רכישת המקרקעין (הרכישה בוצעה קודם חקיקת החוק), המינהל חתם ב-2004 על חוזה חכירה עם העמותה ולא עם התאגיד.
בין המינהל ובין יד לוי אשכול נחתם בינואר 1977 חוזה חכירה שלפיו תקבל העמותה את הזכויות על ביתו של אשכול, בתנאי שישמש משכן להנצחת זכרו. מאז לא נעשה בבית כל שימוש למטרות הנצחה, ולא נמצא שהמינהל דרש לממש את חוזה החכירה או לבטלו. משנת 1970 מאוחסן ארכיון יד לוי אשכול בבניין משרד הרווחה והשירותים החברתיים בתנאים שאינם נאותים לשימור מסמכים. משרד ראש הממשלה מעביר מדי שנה בשנה תשלום למשרד בגין השכירות של חדרי האחסון, ויש בכך משום תמיכה ממשלתית לעמותה שלא לפי מבחני תמיכה.
כמה מראשי המדינה המנוחים זכו למרכזי הנצחה גדולים, ואילו אחרים מונצחים על-ידי עמותות דלות אמצעים. הפער בין התאגידים לעמותות ניכר בכמה היבטים: ראשית, בשנים 2011-2007 היה תקצוב התאגידים למעלה מפי 20 מתקציב התמיכה בעמותות; שנית, לרשות תאגידי ההנצחה העמידה המדינה מבנים קיימים או מקרקעין להקמת מבנים חדשים, ואילו רוב העמותות הפּעילוֹת שוכרות משרדים בתשלום; לבסוף, תאגידי ההנצחה פטורים על-פי חוק מכל תשלום לרשות המקומית, אך עמותות ההנצחה אינן פטורות ממיסים אלו.
לדעת משרד מבקר המדינה, אין זה ראוי שהנצחתם של ראשי מדינה תהיה מותנית ביכולתם של מוקירי זכרם להביא לחקיקת חוק ייעודי ולזכות במשאבים. לפיכך על הממשלה לקבוע מדיניות שתבטיח הנצחה ראויה וממשית לכל ראשיה שהלכו לעולמם.
