עו"ד פיני פישלר, יו"ר הוועדה להגנת חושפי שחיתויות, פנה (יום ב', 20.5.13) במכתב לתת-ניצב יורם אוחיון, מפקד מרחב ירקון במשטרה, בו היא מבקש "לעשות סוף לרדיפה האובססיבית אחרי רפי רותם", אשר חשף מעשי שחיתות ברשות המיסים.
בשנת 2003, יחד עם קבוצה של 15 חוקרים נוספים, התריע רותם על שחיתות במחלקת החקירות של הרשות. הקבוצה דרשה להקים ועדת חקירה ממלכתית לבדיקת המתרחש ביחידת החקירות, דרישה שאליה הצטרף ח"כ
אריה אלדד. מאז התפוצצות הפרשה רותם חי ברחוב, נעצר ונדרש לחקירות פעמים רבות על-ידי המשטרה. הוא אינו מקבל שכר מאז שנת 2005.
עניינו של רותם עובר בימים אלה בירור על-ידי
מבקר המדינה יוסף שפירא וצוותו בעזרת ובסיוע בית נשיא המדינה.
"רפי רותם ספג בזמנו מכות נמרצות וקשות במרחבך, אז בראשות תנ"ץ צ'יקו אדרי וצוות החוקרים, שלא בדין ושלא בצדק - תוך מעצר שווא נקמני וטורדני. גם עניין זה מתברר", כתב פישלר לאוחיון, "אלא, שמייד אחרי שידורה של כתבה בעניינו (בערוץ 1) מוצאת שוב לצריך, משטרת מרחב ירקון, תחת פיקודך, לזמן את מר רפי רותם ל'חקירה'. כך עשתה היא גם היום הזה ממש על-ידי חוקר צח"ם פשעים בשם שלומי.
"אבקשך להורות עוד היום ולעשות סוף לרדיפה האובססיבית אחרי מר רפי רותם - פעם אחר פעם - שוב ושוב - ולהניח לו לנפשו, בכלל, ועד לסיום ולפתרון הפרשה במשרד מבקר המדינה, בפרט".
