בתלונות רבות אחרות שהתקבלו נטען שהמוקד איבד ערכות הרשמה שלמות, איבד מסמכים מתוך הערכות וכן איבד מסמכים שנשלחו אליו בפקס.
בירור התלונות העלה כי במקרים מסוימים אומנם אבדו במוקד ערכות ההרשמה שהגישו ההורים, ולא עלה בידי המוקד לאתרן. עוד התברר כי במספר לא קטן של מקרים, הערכות שנמסר תחילה כי אבדו כלל לא אבדו, אלא לא נקלטו במערכת הממוחשבת בשל הקלדה שגויה, ולפיכך לא טופלו במשך חודשים רבים.
דוגמה לכך היא בקשה שהגישו הורים תושבי יישוב בעוטף עזה להנחה בשכר הלימוד של בתם. לפי החלטת הממשלה, זכאים הורים תושבי עוטף עזה ליהנות מדרגת הסבסוד הגבוהה ביותר לילד יחיד, בלי שיידרשו להציג ראיות לרמת ההשתכרות של האב. אולם בשל אי-הקלדת הערכה כנדרש, ואף שהממשלה ביקשה להקל על אוכלוסיה זו ולאפשר בדיקה מהירה יותר של בקשותיה, החל הטיפול בבקשה רק יותר מארבעה חודשים לאחר הגשתה. בעקבות גילוי התקלה והתערבות הנציבות טופלה הבקשה במהירות ונקבעה הדרגה כמתבקש.
בתלונות אחרות קבלו הורים על שנדרשו לשלוח בשנית מסמכים שכבר צירפו לערכת ההרשמה, ובכללם מסמכים ששילמו בעבור הכנתם (למשל אישור חתימה על-ידי עורך דין), וכדי להמציאם בשנית נדרשו שוב לשלם.
זאת ועוד, הורים רבים התלוננו על שנציגי המוקד ביקשו מהם פעם אחר פעם לשלוח מסמכים שונים בפקס, אך אף ששלחו את המסמכים כמה פעמים, טענו נציגי המוקד כי המסמכים לא התקבלו.
"הנציבות העירה למשרד התמ"ת על התקלות הרבות בקבלת המסמכים במוקד, כמתואר לעיל. המשרד לא נתן לנציבות הסברים מניחים את הדעת בעניין זה ואף לא העלה הצעות לפתרון הבעיה", לשון הדוח.