מנכ"ל המשרד להגנת הסביבה, עו"ד אלונה שפר (קארו), הודיעה (יום א', 16.6.13) לשר להגנת הסביבה, ח"כ
עמיר פרץ, על כוונתה לסיים את תפקידה. שפר נענתה לבקשת השר פרץ לאפשר את הזמן הנדרש הן לאיתור מחליף והן לתקופת חפיפה ראויה.
שפר כיהנה כמנכ"ל המשרד במשך כשנתיים וחצי וקידמה מגוון נושאים ובראשם: מהפכת המיחזור, הובלת התוכנית הלאומית לצמיחה ירוקה לקידום התעשיה והסביבה והגברת התחרותיות, סוגיית ייצוא הגז הטבעי והתנגדות למסקנות ועדת צמח. בתוקף תפקידה כיו"ר הנהלת קרן הניקיון הובילה מהלך של השקעת כמיליארד שקלים בהקמת תשתיות הפרד'ה ברשויות המקומיות ובמתקנים לייצור חשמל ירוק מפסולת.
בשנת 2009 מונתה שפר לראש מטה השר הקודם,
גלעד ארדן, ובינואר 2011 מונתה לתפקיד מנכ"ל המשרד. משנת 2004 כיהנה שפר כמנכ"ל חיים וסביבה, ארגון הגג של ארגוני הסביבה בישראל, המאגד למעלה ממאה ארגונים לא ממשלתיים (NGOs) העוסקים בקידום מדיניות סביבתית בישראל.
מאז שנת 1998 ועד שנת 2004 שימשה כעורכת דין בכירה באדם טבע ודין, וניהלה הליכים משפטיים תקדימיים כנגד מזהמים גדולים. עו"ד שפר בעלת תואר ראשון ושני במשפטים. בתפקידיה הציבוריים בעבר כיהנה כחברת מליאת רשות הטבע והגנים הלאומיים, כחברת המועצה הארצית לתכנון ובנייה, ובוועדה המייעצת לנשיא המדינה בנושא איכות הסביבה.
