משרד האוצר מציע תוכנית חלופית כדי לתקצב את פיתוח התחבורה הציבורית. בתוכנית אותה חיברו רכז תחבורה ציבורית במשרד האוצר, אריאל אבלין, ואחרים מוצע להקים מיזמים במימון-חוץ תקציבי. הדבר יכול להיעשות באמצעים שונים, כגון: מכירת זכויות נדל"ן, הנפקת אגרות חוב, מיסוי יעודי ושילוב של הון פרטי.
התוכנית הוגדרה בעדיפות שנייה, ומוצע לנקוט בה אם אין אפשרות להגדיל את התקציבים הממשלתיים, או אם אין אפשרות ללוות כסף עבור הקמת המיזמים.
שר התחבורה ישראל כ"ץ ציין בהזדמנויות שונות כי אינו רואה ניגוד בין תחבורה ציבורית מפותחת ויעילה לבעלות על כלי רכב. את הסיבה להשקעות של משרדו המוקצות בעיקר לפיתוח כבישים ופחות לתחבורה ציבורית הוא נוהג להסביר בכך שגם הכבישים בסופו של דבר מיטיבים עם התחבורה הציבורית.
כדאיות כלכלית גבוהה אולם מסמך שהכין ד"ר
יניב רונן ממרכז המחקר והמידע של הכנסת מגלה כי הכבישים העירוניים והבינעירוניים האמורים משרתים בעיקר את התחבורה הפרטית. במסמך נאמר כי תקציב ההשקעה בכל תשתיות התחבורה בשנת 2012 היה מעט פחות מהתקציב הנדרש להשקעה בתשתיות תחבורה ציבורית, כאשר למעלה מ-50% מהכסף הופנה לכבישים. מתברר כי כדי לעמוד בתוכנית האסטרטגית, על
משרד התחבורה לבצע הסטה משמעותית של תקציבים מפיתוח רשת הכבישים לפיתוח מערכות תחבורה ציבורית או לתת תוספת ניכרת של תקציבים לתשתיות תחבורה ציבורית.
רכז תחבורה ציבורית באגף התקציבים במשרד האוצר, אשר דולב, מעריך כי להשקעות בתחבורה הציבורית תהיה השפעה בדמות תוספת של 40-25 מיליארד ש"ח על התמ"ג בטווח הארוך. התועלת השנתית של הקמת מערכות הסעת המונים במטרופולינים נאמדת ב-13-10 מיליארד ש"ח. התועלת נובעת, בין השאר, ממעבר של אנשים לשימוש בתחבורה ציבורית יעילה, וכתוצאה מכך – הפחתה בזמני הנסיעה, בתאונות דרכים ובזיהום אוויר. התועלת השנתית לתוספת של 1% בפיצול הנסיעות במטרופולינים לטובת התחבורה הציבורית היא כ-650 מיליון ש"ח. תוספת של 1% בפיצול הנסיעות משמעה מעבר של 1% מן הנוסעים משימוש ברכב פרטי לשימוש בתחבורה ציבורית. לדברי דולב, יש כדאיות כלכלית גבוהה מאוד לתוכניות פיתוח התחבורה הציבורית, עד כדי כיסוי העלות באופן מלא עקב התועלת הכלכלית שלהן.
נחיתות יחסית בדיקה מקצועית של משרד האוצר מצאה כי לפי התוכנית האסטרטגית, גם רשתות התחבורה הגדולות המתוכננות כיום, ומקודמות על-ידי השר כ"ץ, אינן עומדות ביעדים האסטרטגיים, והן נחותות בהשוואה לממוצע במטרופולינים המפותחים בעולם בכל המדדים.
כך למשל, במטרופולין תל אביב מתוכננת רשת של מערכת תחבורה עתירת נוסעים (מתע"ן), שצריכה לפעול במלואה ב-2030. רשת זו, למרות היקפה הרחב, אינה מספיקה כדי לעמוד ביעדים. היקף ההשקעה ברשת הוא כ-100 מיליארד ש"ח, אך גם השקעה זו עדיין נמוכה מאוד במונחים של השקעה לכל תושב.
כבר לפני שנה וחצי הזהירו באוצר מפני האופן בו מנהל משרד התחבורה את התחבורה הציבורית בישראל. אריאל אבלין אמר אז: "העלות השנתית למדינה שנגרמת כתוצאה מהגודש מגיעה לשני מיליארד שקל בשנה, ואין מקום להשקיע בעוד כבישים. אנחנו דורשים הקמת מיידית של רשויות תחבורה מטרופוליניות, בפרט בתל אביב. חייבים עוד מערכות להסעת המונים, אבל לא בקצב כמו היום ושזה לא יהיה בסמכות של חברה או גוף ממשלתיים. צריך להשקיע 40-30 מיליארד שקל למערכת הסעת המונים (תוכנית "נתיבי ישראל 2") עד שנת 2025".