בתי הזיקוק בחיפה הזרימו לקישון שפכים וזיהמו אותו. כך טוענת (יום ד', 28.8.13) פרקליטות המדינה בכתב אישום נגד בז"ן וארבעה מנהלים בכירים בחברה שהוגש לבית משפט השלום בחיפה.
הנאשמים הם: סמנכ"ל בז"ן ומנהל מגזר הנפט בחברה, חנן קלצוק; סמנכ"ל איכות הסביבה, טליה רוטשילד; מנהל מפעל הזיקוק בחיפה, אליעז ביליק; וראש תחום איכות הסביבה בבז"ן, יוסף בראייר. העבירות המיוחסות להם הן זיהום מים, הטלת פסולת ושפכים בניגוד להיתר (לחברה בלבד) והפרת חובת נושא משרה להימנע מהטלת פסולת ושפכים בניגוד להיתר (למנהלים בלבד).
כתב האישום מתייחס לשני אירועים שהתרחשו לטענת המדינה בשנים 2010 ו-2011. בינואר 2010, טוענת המדינה, הזרימה בז"ן לקישון "שפכים עכורים מאד ומזוהמים ביותר במוצקים מרחפים, חומר אורגני, שמנים מינרליים, קולי צואתי, בכמות שאינה ידועה במדויק למאשימה, ולכל הפחות עשרות רבות של אלפי מ"ק, וכל זאת בניגוד לתנאי ההיתר" שהיה בידי החברה בנוגע להזרמת שפכים לנחל.
אירוע דומה, טוענת המדינה, התרחש באפריל 2011, ואז הזרימה בז"ן לקישון "שפכים מזוהמים במשך כ-24 שעות לפחות, בכמות שאינה ידועה במדויק למאשימה אך עומדת על עשרות אלפי מ"ק, כשהם עכורים מאד ומזוהמים ביותר במוצקים מרחפים, חומר אורגני, שמנים מינרליים, קולי צואתי, וזאת בניגוד לתנאי ההיתר". כתב האישום הוגש בידי עו"ד עדי דמתי-שגיא.