רשות שדות התעופה לא השלימה את תוכניות הפיתוח שאישרה הממשלה במהלך השנים, תוכניות שהיקפן הכספי גדול. תהליך הקמתה של מערכת משולבת חדשה לבידוק, מיון ושינוע של כבודת נוסעים, שתעמוד בתקנים בינלאומיים, התמשך; עלות הקמתה גדלה וכדאיותה הכלכלית קטנה, והצטבר פיגור בלוח הזמנים לביצועה. נדחה מועד השלמת מגדל פיקוח חדש בנתב"ג, הנחוץ לשיפור שדה הראייה בנמל, וטרם החלה הקמתו של שדה תעופה חדש בתמנע - כך עולה מבדיקה שערך משרד
מבקר המדינה בחודשים מרס-דצמבר 2012, וקובע כי יכולתה של הרשות לבצע פרויקטים גדולים טעונה שיפור.
סחבת בתכנון ובביצוע בבדיקתו מצא מבקר המדינה, כי הרשות החליטה ב-2005 על הקמת מערכת משולבת חדשה לבידוק, מיון ושינוע של כבודת נוסעים (להלן - מערכת משולבת); מועד השלמתה נדחה כמה פעמים. במועד סיום הביקורת העריכה הרשות כי מועד הקבלה הסופי של המערכת יהיה בדצמבר 2013. הליכי בחירת החברות שיקימו את המערכת המשולבת והחתימה על חוזי התקשרות עמן ארכו זמן רב, והיקפי ההתקשרות גדלו במהלך השנים.
עוד נמצא כי הרשות השקיעה כ-26 מיליון ש"ח בהקמת מערכת אפיון טכנולוגי שמטרתה לשפר את השירות לנוסע היוצא. הרשות לא עשתה בדיקת כדאיות לפני פיתוח המערכת ובמהלכו. פיתוח המערכת הוקפא ובמועד סיום הביקורת הרשות הפעילה רק עמדה אחת.
בנוסף, למרות שהרשות החליטה כבר ב-2009 להקים מגדל פיקוח חדש בנתב"ג כדי לשפר את הבטיחות, רק בפברואר 2012 חתמה על הסכם עם חברה להקמת המגדל. באוקטובר 2012 הופסקה ההתקשרות עם חברה זו מסיבות שונות, והרשות בחרה בחברה אחרת לביצוע הפרויקט.
באשר להחלטה מיולי 2010 כי הרשות תהיה אחראית לתכנון המפורט של שדה תעופה בינלאומי ופנים-ארצי חדש בתמנע, רק בדצמבר 2011 החליטה הרשות כי שדה התעופה החדש יוקם בתוך שלוש שנים. במועד סיום הביקורת, יותר משנה לאחר החלטת הרשות וכשנתיים וחצי לאחר החלטת הממשלה, טרם השלימה הרשות את התכנון המפורט. אומדן עלות הקמתו של שדה התעופה החדש עלה מכ-1.54 מיליארד שקלים בהחלטת הממשלה לכ-1.9 מיליארד ש"ח ב-2012, גידול של כ-16%.
בסיכום, מבהיר משרד המבקר, כי על הרשות להשלים בהקדם את הפרויקטים שהחלה בביצועם - הטמעת המערכת המשולבת לבידוק, מיון ושינוע של כבודת נוסעים בנתב"ג והקמת מגדל פיקוח חדש - המיועדים בין השאר לפתור בעיות בתחומי הבטיחות והביטחון, והקמת שדה תעופה חדש.
