מבקר המדינה קובע עוד, כי עד למועד סיום הביקורת לא הסתיימה הכנת תוכנית המימון הפרטנית למהלך העברת היחידות הממשלתיות לירושלים. על כן אף לא הושלם ביצוע אומדן עלות הבנייה של נכסים עבור היחידות הארציות. כמו-כן טרם סוכם מאלו תקציבים ימומנו הוצאות הבנייה ועלויות המעבר - מתקציבי המשרדים או ממקורות נוספים.
למרות קיומה של ועדת חריגים שאמורה, על-פי החלטת הממשלה, לאשר מקרים פרטניים של הקמת יחידות ארציות מחוץ לירושלים לאחר מועד פרסום החלטת הממשלה, הוקמו שתיים כאלה בלא שהדבר הובא לאישורה של ועדת החריגים. מדובר ביחידת האכיפה ברשות התאגידים שבמשרד המשפטים ובאגף לביטחון מים ברשות המים שבמשרד האנרגיה והמים.
כן נמצאו כמה מקרים שבהם אישר מינהל הדיור לחדש חוזי שכירות או לאתר דיור חלופי לכמה יחידות ארציות של הממשלה שלא בתחומי ירושלים, בלי שביקש את אישורה של ועדת החריגים לכך.
עוד נמצא כי השר לפיתוח הנגב והגליל,
סילבן שלום, ושרת התרבות והספורט,
לימור לבנת, צפצפו על החלטת הממשלה. לשכותיהם של השניים הגישו לוועדת החריגים בקשה לפטור אותן ממעבר לירושלים. ועדת החריגים דחתה את הבקשה, אולם סילבן שלום ולימור לבנת לא העבירו מאז ועד עתה את לשכותיהם לירושלים.
"ממצאי הביקורת מצביעים על עיכוב וקשיים ביישום החלטת הממשלה על מעבר יחידות הממשלה לירושלים עד שנת 2015. אין גורם ממשלתי אחד הרואה עצמו אחראי להובלת ביצוע התוכנית ליישום החלטת הממשלה. נמצאו ליקויים באיתור השטחים לאכלוס היחידות בירושלים, בקביעת מקורות המימון של עלויות המעבר על מרכיביהן השונים, במעקב ובדיווח על יישום החלטת הממשלה. בפועל במועד סיום הביקורת לא נמצאה תוכנית מפורטת בת-ביצוע להעברת היחידות הארציות לבירה וכמה נדבכים מרכזיים ביישום החלטת הממשלה טרם סוכמו", כתב המבקר בדוח.
לדבריו, החלטה זו של הממשלה, ככל החלטת ממשלה אחרת, היא מחייבת כל עוד לא שונתה, ויש לפעול ליישומה. "עמדה המתעלמת מהפן היישומי של החלטת הממשלה ומתייחסת אליה כאל הכרזה הצהרתית בלבד מצמצמת את תחולתה. לפיכך, במסגרת עידכון תוכנית הפעולה ליישום החלטת הממשלה, על משרד ראש הממשלה לבחון את החלופות להתמודדות עם הקשיים שעלו עד כה. במידת הצורך על משרד ראש הממשלה להעלות את החלופות בפני הממשלה ולהציע לה לעדכן את החלטתה", לשון הדוח.
