ישראל הופכת בהדרגה ל"מיני-מעצמה" של חיפושי גז טבעי. נוסף על כמויות מסוימות של נפט, התגלו ארבעה מאגרי גז גדולים ביותר בשנים 1999, 2000 ו-2009. תגליות אלה הביאו לידי הגברת הפעילות בענף, רובה בים העמוק. אולם, דוח
מבקר המדינה 63ג מוצא (יום ג', 15.10.13) כי הסכנות הסביבתיות הרבות הנובעות מן הקידוחים, אינן מקבלות מענה מספק.
למרות שהמאגרים התגלו הרבה קודם לכן, רק בסוף 2010 החל להיות מותנע תהליך מסוים בנושא, לאחר שאירע האסון הסביבתי הגדול ביותר בארצות הברית עקב דליפת נפט בקידוח שנעשה בים במפרץ מקסיקו, שגרם לפגיעה סביבתית אדירה בצומח ובחי.
עד אותה שנה, ברוב ההרשאות (39 מ-41) שנתן משרד האנרגיה משנת 2006, שבה חידש את מתן ההרשאות, ועד סוף שנת 2011, הוא לא כלל דרישות כלשהן בתחום הגנת הסביבה, אף שהיועץ הבינלאומי למשרד ציין שיש צורך בכך ואף שהפעילות התרחבה מאוד בשנים אלה ובמהלכן (בשנת 2009) התגלו שני מאגרי גז גדולים נוספים, שחיזקו את הצורך באסדרה סביבתית.
בסוף מרס 2013, יותר משנתיים אחר כך, ומשהתחום כבר עבר לטיפולו הישיר של המשרד להגנת הסביבה, עדיין לא היו הנחיות מוסכמות ומאושרות המסדירות את מכלול ההיבטים הסביבתיים. רק בסוף שנת 2011 החל משרד האנרגיה לשתף פעולה עם משרד הגנת הסביבה וגופים ציבוריים נוספים הפועלים בתחום.
יודגש כי בשנת 2012 החלו משרדי האנרגיה והגנת הסביבה בניסיונות להסדיר את חלוקת האחריות והסמכויות ביניהם בכל הנוגע למניעה של זיהום בים, ומתגובות המשרדים על ממצאי ביקורת זו עולה כי ממרס 2012 כל פעולה ימית של החברות הותנתה בקיום דרישות בתחום הגנת הסביבה. אולם נמצא כי בפועל משרדים אלה פעלו מול החברות בנושאים בעלי השפעות סביבתיות, לעתים ללא הסכמה ביניהם בעניין דרך הפעולה הראויה. כך למשל, משנת 2012 החל משרד האנרגיה, בשיתוף משרד הגנת הסביבה, לדרוש מחברות מסמך סביבתי ותוכנית ניטור בהליכי ההרשאה, והמשרדים היו חלוקים בשאלה בידי מי מהם הסמכות לגבש ולאשר את ההנחיות ואת חוות הדעת למסמכים אלה.
למרות החלטת ממשלה מיוני 2008 (שאומצה גם היא שמונה שנים לאחר המועד שנקבע לכך) להיערכות המדינה לטיפול באירוע זיהום ים, נכון למועד סיום הביקורת, לא העביר עדיין משרד הגנת הסביבה את התקציב שנדרש להקצות ממקורותיו לביצוע פעולות הצטיידות ואיוש תקני כוח-אדם ייעודיים. רק שנתיים לאחר קבלת ההחלטה פנה המשרד למשרד האוצר בבקשה לתוספת תקציב, ורק כעבור שנתיים נוספות (ביוני ובדצמבר 2012) סוכם בין המשרדים על תוספת תקציב שתועבר למשרד הגנת הסביבה בשנים 2015-2012, והוקצו תשעה תקני עובדים מקצועיים לצורך ביצוע פעולות מניעה של אירועי זיהום ים וטיפול בהם. משמעות הדבר היא כי הפעולות הנחוצות להכנת המדינה לטיפול בזיהום ים לסוגיו יושלמו רק עוד כמה שנים, ועד אז, לפחות, היערכות המדינה תהיה חסרה.
עוד נמצא כי הקרן למניעת זיהום ים במשרד הגנת הסביבה שהוקמה לשם ריכוז האמצעים הכספיים ללחימה בזיהום ים בשמן וסיוע במימון ניקוי זיהומים, לא מסוגלת בפועל להשיג מטרותיה, שכן הכנסותיה השנתיות בשנים 2010-2006 לא אפשרו זאת. למרות חשיבות הדבר, מקור הכנסות הקרן בעיקר בקנסות שהוטלו על מזהמי ים ובאגרות שנגבות מבעלי כלי שיט ומסופי שמן בחוף.
