הרבנות הראשית לישראל תדון בקרוב באפשרות לשלול מהרב מוטי אלון את כושר הרבנות שלו. כך נודע ל-News1. זאת, בהתאם לתקדימי העבר שבהם נשלל כושר הרבנות מרבנים שהורשעו בעבירות פליליות חמורות.
בחודש מרס 2013 שללה הרבנות לראשונה את כושר הרבנות מרב שהורשע בפלילים. כושר הרבנות של הרב יהודה רוזיליו, רב המושב ברוש שהורשע בגניבת ספרי תורה, ניטל ממנו על-ידי מועצת הרבנות הראשית לישראל. במסגרת החלטה זו נאמר על-ידי הרב הראשי לישראל לשעבר,
יונה מצגר, כי יש לנהוג כך בכל מקרה של רב שעבר עבירה פלילית חמורה. אולם הדברים לא עוגנו בהחלטת מועצת הרבנות הראשית.
באוגוסט 2013 הורשע הרב מוטי אלון בעבירות חמורות בהרבה. הוא הורשע על-ידי בית משפט השלום בירושלים בביצוע שתי עבירות של מעשים מגונים בכוח באחד מתלמידיו.
למרות ההרשעה, לא פתחה מועצת הרבנות הראשית בהליך שלילת כושר הרבנות של הרב אלון. בשל העובדה שלא התקבלה החלטה עקרונית בנושא, נזקקה מועצת הרבנות הראשית לפנייה ספציפית של גורם חיצוני שידרוש לפתוח בהליך.
ל-News1 נודע כי בשבועות האחרונים התקבלה ברבנות הראשית לישראל פנייה בעניינו של הרב אלון והנושא הועבר לבחינת ועדת המשמעת לרבנים. הרכבה של ועדת המשמעת ייקבע לאחר ישיבתה הראשונה של מועצת הרבנות הראשית החדשה, שתתכנס ככל הנראה ביום שני הקרוב. זאת על-פי קביעתו של הרב הראשי לישראל,
דוד לאו, כי המועצה תתכנס בכל יום שני שלאחר שבת מברכין. רק לאחר שמועצת הרבנות הראשית תתכנס תוכל ועדת המשמעת לדון בעניינו של הרב אלון.
הרכביהן של ועדות המשנה של מועצת הרבנות הראשית, ובהן גם ועדת המשמעת, נקבע על-ידי המועצה שרק לאחרונה נבחרה מחדש. נכון לעכשיו, לא נבחרה ועדת משמעת ועל כן הדיון בעניין שלילת כושר הרבנות של הרב אלון ייאלץ להמתין עד לקביעת ההרכב.
גם שלילת כושר הרבנות הרשמי של הרב אלון לא תמנע מתלמידיו הנאמנים מלראות בו רב ומורה דרך. בשל כך, אקט של שלילת כושר רבנות מהווה הליך רשמי שהמשמעות שלו תהיה בעיקרה ההשפלה שתתלווה לאקט שכזה.